المشهد عام 640 ه في عهد الصالح نجم الدين أيوب، أنه أنشئت منارة على باب المشهد عام 634 ه (1237 م). أنشأها أبو القاسم بن يحيى السكري، ولم يتمها فأتمها ابنه وهي مليئة بالزخارف الجصية والنقوش، تعلو الباب الأخضر، وقد قام بترميمها وتوسيعها بعد ذلك القاضي الفاضل عبد الرحيم البيساني. ثم في عصر الناصر محمد بن قلاوون أمر بتوسيع المسجد عام 684 ه وفي العصر العثماني أمر السلطان سليم بتوسيع المسجد لما رآه من الاقبال العظيم من الزائر والمصلين. ثم بعد ذلك أحضرت للمسجد عمد الرخام من القسطنطينية، وبنيت ثلاثة أبواب من الرخام جهة خان الخليلي ومثلها الباب الأخضر الذي بجوار القبة بالجهة الشرقية.
ولما قدم مصر السلطان عبد العزيز العثماني عام 1279 ه وزار المقام الحسيني، أمر الخديو إسماعيل بعمارته وتشييده على أتم شكل وأحسن نظام، واستغرقت العملية التي أشرف عليها علي باشا مبارك ووصفها في خططه، عشر سنوات.
هذه ملامح مما حدث لسبط الرسول صلى الله عليه وسلم وحضور رأسه الشريف إلى مصر، وتشريف مصر به. مما يجعل المشهد الحسيني قبلة لمحبي آل البيت، والمؤمنين الصابرين المجاهدين.
أقيم المشهد الحسيني، لكن الدولة الفاطمية تلاشت.
ومما يثبت وجود الرأس الشريف، أن الأيوبيين الذين أنهوا الحكم الفاطمي الشيعي بمصر، اهتموا بالمشهد. فصلاح الدين جعل به حلقة تدريس وفقهاء، وفوض ذلك للفقيه البهاء الدمشقي السني المذهب. وكان يجلس عند المحراب الذي يقع الضريح خلفه. وفي مكان هذه المدرسة بنى المسجد الحسيني. وزيادة في الاهتمام - كما يقول الأثري حسن عبد الوهاب - فإن صلاح الدين الأيوبي أهدى للمشهد مقصورة، تشبه المقصورة التي أهداها للإمام الشافعي عام 574 ه وقبل صلاح الدين كان الملك الصالح نجم الدين أيوب، الذي بنى إيوانا للتدريس، وبيوتا خاصة للفقهاء. وقد وصفها ابن جبير في رحلته. وهذا الرحالة زار مصر عام 578