الفصل الرابع هجرته إلى سامراء () ومدينة سامراء تضم مرقد الإمامين: علي الهادي والحسن العسكري عليهما السلام ()، وفيها غيب الإمام محمد المهدي الإمام الثاني عشر من أئمة أهل البيت، ويقصدها على مدار السنة عدد غير قليل من المسلمين الإمامية من داخل العراق وخارجه لزيارة الإمامين العسكريين والتبرك بمرقدهما الطاهر، وسكان هذه المدينة من المسلمين السنة منذ عهد العباسيين الذين أسسوها واعتبروها عاصمة لهم في عهد من عهودهم.
وعنده رسخت مرجعية الإمام المجدد الشيرازي في الأقطار الإسلامية قرر الانتقال من النجف إلى سامراء، ولم يعلن عن تصميمه في بداية الأمر لأنه كان يخشى ضغط العلماء وهيجان الجماهير عليه مما يضطره لترك الفكرة، وهو مصمم على إنجازها لما فيها من مصلحة للأمة، وذلك عام 1291 ه‍.