الجامعة النجفية وحوزتها العلمية وينتقل إلى سامراء وهو يعلم بأن ذلك سيؤدي حتما إلى تضعضع الجامعة النجفية عبر تاريخها الطويل، وجهادها العلمي المتوارث.
والذي أراه وأستنتجه من خلال دراستي لحياة سيدنا المترجم أن مقصده من هجرته وحدة المسلمين، وبث روح التآلف بين السنة والشيعة، وإماتة العصبيات والنعرات الطائفية والتي كانت مشتعلة - حينها - في العراق بسب الحكم العثماني والذي كان يترنح هنا وهناك بسبب غزو الإنكليز على المنطقة، ومحاولة إخراج النفوذ العثماني المنهار منها.
وحيث أن غالبية سكان مدينة سامراء من عشائر السنة، فكانت الأقلية الشيعية فيها تعاني من البعض التعدي والإيذاء وخاصة من جهلة الناس، وأوباش المواطنين، وكذلك الزوار الشيعة الذين كانوا يقصدون سامراء لزيارة مرقد الإمامين العسكريين عليهما السلام فكانوا يقابلون من بعض الأفراد بما لا يليق بروح الأخوة الإسلامية، والتعاطف الوطني، مما سبب انكفاء من الزوار لحرم الإمامين، حفاظا على أرواحهم وأعراضهم.
وكان تخطيط مركز من السيد الشيرازي حين شد الرجال، وحط موكبه في سامراء، والتف الشيعة من حوله، وكثر التردد من المسافرين عليها من شتى الأقطار الإسلامية، وخفت تلك الوحشة التي كانت تلف المدينة من قبل.
تقول المصادر:
(فعمرت سامراء به وصارت إليها الرحلة، وتردد الناس عليها، وأمها أصحاب الحاجات من أقطار الدنيا، وعمر فيها الدرس، وقصدها طلاب العلوم، وشيد فيها المدارس والدور... وكانت قبل سكناه فيها بمنزلة قرية صغيرة، فلما سكنها عمرت عمرانا فائقا وبنيت فيها الدور والأسواق، وسكن فيها الغرباء، وكثر إليها الوافدون، وصار فيها عدد من طلاب العلم والمدرسين لا يستهان به... وكانت في أكثر الأوقات