وحين ألقى عصا الترحال في سامراء، وعرف عنه الرغبة في الإقامة الدائمة بمدينة الإمامين العسكريين، توافد عليها العلماء الأعلام وتبعهم الأصحاب والطلاب والتلاميذ، والكثير من المسلمين الشيعة الذين يرغبون في البقاء إلى جنب زعيمهم الديني الميرزا الشيرازي، والتشرف بمجاورة مرقد الإمامين العسكريين عليهما السلام، والاستفادة من فضله وتوجيهه.
تحدثنا المصادر في هذا الصدد فتقول:
وفي عام 1291 ه‍ تشرف السيد المجدد الشيرازي إلى كربلاء لزيارة الإمام الحسين عليه السلام في النصف من شعبان، وبعد الزيارة توجه إلى الكاظمية لزيارة الإمامين: موسى بن جعفر، ومحمد الجواد عليهما السلام، ثم توجه إلى سامراء فوردها أواخر شعبان، ونوى الإقامة فيها لأداء فريضة الصيام، ولئلا يخلو الحرم الطاهر للإمامين العسكريين من الزوار في ذلك الشهر - فإن الحرم يغلق إذا جاء الليل ولم يكن فيه أحد من أمثال المترجم، ويحرم منه سائر الزوار، وكان يخفى قصده، ويكتم رأيه، وبعد انقضاء شهر الصيام كتب إليه بعض خواصه من النجف الأشرف يستقدمه ويسأله عن سبب تأخره، فعند ذلك أبدى لهم رأيه، وأخبرهم بعزمه على سكنى سامراء، فبادر إليه العلامة ميرزا حسين النوري، وصهره الشيخ فضل الله النوري، والمولى فتح علي السلطان آبادي، وبعض آخر، وهم أول من لحق به، وبعد أشهر اصطحب الشيخ جعفر النوري عوائل هؤلاء إلى سامراء أوائل عام 1292 ه‍ ثم لحق بهم سائر الأصحاب والطلاب والتلاميذ، فعمرت به سامراء ().
ويقول الإمام السيد عبد الحسين شرف الدين في حديثه عن السيد الشيرازي:
وفي سنة 1291 ه‍ - هاجر إلى سامراء فاستوطنها في جم غفير من أصحابه وخريجيه، فكانت سامراء شرعة الوارد، ونجمة الرائد، أخذ عنه من فحول العلماء عدة