وفيما يلي نشير إلى بعض هذه المشاكل:
أولا - فقدان بعض الأوراق من الكتاب، وقد أدى ذلك إلى عدم ارتباط بعض المطالب مع بعضها الآخر، وقد أشرنا في هامش الكتاب إلى محل السقط أو احتماله.
ومما كان يزيد في المشكلة أنه ربما كتب الشيخ قدس سره في حاشية (1) الورقة المفقودة مطلبا كانت بقاياه في الأوراق الموجودة أو بالعكس، ولم نتمكن من تحديد محل المطلب بالدقة، بل وحتى لو حددناه وأدرجنا فيه المطلب لكان ناقصا، ولذلك آثرنا في مثل هذه الحالة درج ذلك في هامش الكتاب.
ثانيا - إن الترتيب الذي كانت عليه النسخة الأصلية لم يكن صحيحا، وقد حصل فيه تقديم وتأخير في عدد من الأوراق، في الصفحة اليمنى من الورقة (131) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة (136) من الكتاب والصفحة اليمنى من الورقة (136) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة (139) والصفحة اليمنى من الورقة (139) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة (131).
هناك ورقة منفردة وضعت في آخر المجموعة بحث فيها حول حكم القاضي بعلمه، أوردناها في البحث عن آداب القاضي.
هذا سوى ما جرت به عادة الشيخ قدس سره من حذف أو تغيير ما كتبه بالشطب الذي كان يؤدي إلى مشاكل عديدة، كعدم تحديد المشطوب عليه، أو ارجاع الضمائر وأسماء الإشارة أو الموصول إلى المشطوب بدل المكتوب