ولما توفي علامتنا أبو منصور في الحلة المزيدية حمل نعشه الشريف على الرؤوس إلى النجف الأشرف ودفن في جوار أمير المؤمنين حامي الحمى، في حجرة إيوان الذهب الواقعة على يمين الداخل إلى الحضرة الشريفة العلوية من جهة الشمال بجنب المنارة الشمالية.
وعند تعمير الروضة العلوية فتح باب ثان من الإيوان الذهبي يفضي الباب إلى الرواق العلوي، فصار قبر العلامة في حجرة صغيرة مختصة به على يمين الداخل ممرا للزائرين يقصدونها حتى اليوم، ولها شباك فولاذي، ويقابلها حجرة صغيرة أخرى هي قبر المحقق الأردبيلي مختصة به.
قال السيد المرعشي حفظه الله: فأكرم بهما من بوابين لتلك القبة السامية، وجدير أن يقال: أسد الله علي المرتضى اجتبى حبرين من نوابه ليكونا بعد من بوابه (1).
وأخيرا نقول: سلام عليك أيها العبد الصالح يوم ولدت، ويوم مت، ويوم تبعث حيا (2).