الفصل الأول جامعة النجف العلمية تتحدى الزمن اقترن اسم النجف الأشرف - كمدينة جامعية يبحث فيها علوم الشريعة الإسلامية - باسم شيخ الطائفة أبي جعفر محمد بن حسن الطوسي، الذي انتقل إليها بعد الحوادث الطائفية الدامية التي نشبت في بغداد عام 449 ه‍، والتي أدت إلى قتل ودمار واضطهاد المسلمين الشيعة الذين يسكنون بغداد. واعتبر هو المؤسس الأول لهذه الجامعة العلمية الشامخة عبر القرون والأيام. كما بقيت مستمرة بين شدة وضعف تقطع أشواطا بعيدة في مسيرتها الجامعية، وهي تسجل لمؤسسها دور القيادة والزعامة بكل تقدير وإكبار.
وجامعة النجف مرت في ثلاثة أدوار:
الأول - بدأ بانتقال الشيخ الطوسي عام 449 ه‍ - إلى النجف، وأسس فيها الحوزة العلمية، وبقيت من بعده تدار من قبل تلامذته الأعلام، وترى بعض المصادر أن الفترة التي تلت وفاة الشيخ الطوسي من أنشط العهود بالنسبة للحركة العلمية في الجامعة النجفية، وإن الوضع الدراسي قد بلغ أوجه وشدة عنفوانه في عصر ولده الشيخ الحسن بن محمد بن الحسن المعروف بأبي علي الطوسي المتوفى سنة 515 ه‍، ويمكن أن تكون امتدادا لعهد الشيخ والده ().
وإذا ما جاء عهد الشيخ محمد بن أحمد بن إدريس في القرن الخامس حتى نقل الحوزة العلمية من النجف إلى الحلة وقد تكاملت عناصر هذا الانتقال في أوائل القرن السابع الهجري، ونشطت الحركة العلمية فيها إلى حد كبير.
وزعم هذا الانتقال العلمي من النجف، فإنها بقيت محتفظة بطابعها العلمي