للخلافة، كما كان الأمر في عهد البويهيين.
ولهذا كان لهاتين السلطتين أثر في دعم الجامعة النجفية، واهتمامهم بها كمصدر للإشعاع العلمي المعبر عن علم أهل البيت عليهم السلام.
وذهبت بعض المصادر إلى أن المدة التي عاشتها الجامعة النجفية في دورها الثاني هو من عام 750 - 1150 ه‍، غير أن الدلائل تشير إلى أن العهد بدأ في عهد المقدس الأردبيلي الذي هو من أعلام القرن العاشر الهجري، وحتى نهاية القرن الثاني عشر، حيث انتقلت إلى كربلاء نتيجة عوامل عديدة أهمها بروز مدرسة الوحيد البهبهاني، المولى محمد باقر بن محمد أكمل المتوفى عام 1208 ه‍، وتصفها المصادر بأنها افتتحت عصرا جديدا في تاريخ العلم، والتي اكتسبت الفكر العلمي في العصر الثاني الاستعداد للانتقال إلى عصر ثالث ().
وعاشت هذه المدرسة قرابة السبعين عاما، وهي تكاد تفتح آفاقا جديدة في الكيان العلمي الكربلائي، كان له صدى حافل بالإكبار والتقدير.
الثالث - وهو - كما تصفه المصادر - عصر الكمال العلمي وهو العصر الذي افتتحته في تاريخ العلم المدرسة الجديدة التي ظهرت في أواخر القرن الثاني عشر على يد الأستاذ الوحيد البهبهاني، وبدأت تبني للعلم عصره الثالث بما قدمته من جهود متضافرة في الميدانين: الأصولي والفقهي.
وقد تمثلت تلك الجهود في أفكار وبحوث رائد المدرسة الأستاذ الوحيد وأقطاب مدرسته الذين واصلوا عمل الرائد حوالي نصف قرن حتى استكمل العصر الثالث خصائصه العامة ووصل إلى القمة ().
وعادت النجف إلى ميدانها العلمي كمركز أول - من بعد هذه الفترة - للحركة العلمية التي تمثل مدرسة الوحيد البهبهاني على يد تلميذه السيد محمد مهدي