الفصل الثالث الرئاسة والمرجعية وحين انتقل الشيخ الأنصاري إلى جواز ربه عام 1281 ه‍، ثلم في الإسلام ثلمة كبيرة، وخسرت المدرسة النجفية العلمية رائدها الكبير ومجدد أفكارها العلمية، وكان على أعلام هذه المدرسة أن تحدد المرجع الديني الذي يجب أن يسد الشاغر بوفاة شيخ الطائفة الأنصاري، والعيون مشدودة - بطبيعتها - إلى النجف الأشرف، موئل العلماء، ومركز الثقل الديني في العالم الإسلامي الشيعي.
وتشير المصادر بأن تلامذة الشيخ الأنصاري اجتمعوا في دار الشيخ ميرزا حبيب الله الرشتي () - من مبرزي تلاميذ الشيخ - قدس سره - وتدارسوا أمر المرجعية العامة، وترشيح من هو أهل لها، واتفقت كلمتهم على تقديم الميرزا الشيرازي لرئاسة المرجعية لما له من المؤهلات والخصائص التي تجعله أن يكون المرشح الأكثر قبولا لدى الأمة، وكانت العلامة التي أوضحت هذا المعنى أن قدم للصلاة والدرس بعد وفاة شيخهم الكبير المرتضى الأنصاري، وحين توفي الحجة الكبير السيد حسين الكوهكمري، المعروف بالسيد حسين الترك، الذي رجع إليه أهالي «أذربيجان» في التقليد بعد الشيخ الأنصاري، ثنيت الوسادة للسيد الشيرازي وأصبح المرجع الوحيد للإمامية في سائر البلاد الإسلامية ()، والمشار إليه في إصدار الإفتاء وشؤون المسلمين.