غزو الجيش الأموي لمصر وشهادة محمد بن أبي بكر رحمه الله كان أهل مصر من أشد الثائرين على عثمان لتسليطه بني أمية عليهم، وقد شارك منهم ست مئة مقاتل في محاصرة عثمان وقتله.
وعندما أرسل أمير المؤمنين عليه السلام قيس بن سعد بن عبادة حاكما على مصر، لم يخضع لحكمه أنصار عثمان، كما لم يستطيعوا مقاومته، فاعتزلوا في قرية عند الإسكندرية، وشكلوا قاعدة لبني أمية، فساندهم معاوية!
وبعد صفين أخذ معاوية يدبر مع ابن العاص لانقلاب في مصر، أو لغزوها.
قال الطبري: 3 / 462: (ولما دخلت سنة 36 فرق علي عماله..... على الأمصار فبعث عثمان بن حنيف على البصرة، وعمارة بن شهاب على الكوفة وكانت له هجرة، وعبيد الله بن عباس على اليمن، وقيس بن سعد على مصر، وسهل بن حنيف على الشام. فأما سهل فإنه خرج حتى إذا كان بتبوك لقيته خيل فقالوا: من أنت؟ قال: أمير. قالوا: على أي شئ؟ قال: على الشام قالوا: إن كان عثمان بعثك فحيهلا بك، وإن كان بعثك غيره فارجع. قال: أوما سمعتم بالذي كان؟ قالوا: بلى! فرجع إلى علي.
وأما قيس بن سعد فإنه لما انتهى إلى أيلة لقيته خيل فقالوا: من أنت؟ قال: من فل عثمان، فأنا أطلب من آوى إليه وانتصر به! قالوا: من أنت؟ قال قيس بن سعد! قالوا: إمض فمضى حتى دخل مصر، فافترق أهل مصر فرقا، فرقة دخلت في الجماعة وكانوا معه، وفرقة وقفت واعتزلت إلى خربتا، وقالوا إن قتل قتلة عثمان فنحن معكم، وإلا فنحن على جديلتنا، حتى نحرك أو نصيب حاجتنا. وفرقة قالوا نحن مع علي ما لم يقد إخواننا، وهم في ذلك مع الجماعة، وكتب قيس إلى أمير المؤمنين بذلك). انتهى.