منهج التحقيق يمكن إجمال عملنا في الكتاب بالنقاط التالية:
ا - معارضة المطبوع في النجف الأشرف بالنسخة المخطوطة وبالمطبوعة على الحجر.
2 - معارضة المطبوع من المجلس التاسع عشر إلى آخر الكتاب بنقول العلامة المجلسي في بحار الأنوار من كتاب الأمالي، وذلك لكثرة التصحيف والتحريف والسقط في هذه المجالس في المطبوعة والحجرية.
3 - تقويم النص بتخليصه من التصحيف والسقط، وشرح غريبه، وضبط الآيات القرآنية وتخريجها، وقد أثبتنا ما هو صحيح من مجموع النسخ، ولم نشر إلى اختلاف النسخ إلا نادرا، لان أغلب الاختلاف هو من قبيل التصحيف الذي لا تترتب عليه أدنى فائدة للقارئ.
4 - ترقيم المجالس والأحاديث في كل مجلس.
5 - الإحالة إلى الأحاديث المتحدة في اللفظ أو المتشابهة.
6 - إلحاق فهارس للآيات القرآنية، والحديث والأثر، والقوافي الشعرية