مؤلفاته يمكن تقسيم مؤلفات الشيخ الطوسي من حيث تنوع موضوعاتها إلى العلوم الاسلامية التالية:
1 - التفسير وعلوم القران، وله فيه:
أ: التبيان.
ب: المسائل الرجبية.
ج: المسائل الدمشقية.
2 - الحديث، وله فيه:
أ: تهذيب الأحكام.
ب: الاستبصار فيما اختلف من الاخبار.
3 - الرجال، وله فيها:
أ: الفهرست.
ب: الرجال.
ج: اختيار الرجال.
4 - علم الكلام والإمامة، وله فيه:
أ. تلخيص الشافي.
ب: الغيبة.
ج: المفصح في الإمامة.
د: الاقتصاد فيما يجب على العباد.
ه‍: النقض على ابن شاذان في مسألة الغار.
و. مقدمة في المدخل إلى علم الكلام.
ز. رياضة العقول، في شرح المدخل المتقدم.
ح: ما يعلل وما لا يعلل.
ط: أصول العقائد.