حول إلى مسجد، ويعرف اليوم بمسجد الشيخ الطوسي، وقد غدت مدينة النجف بعد فترة قصيرة من وصول الشيخ الطوسي إليها، حاضرة العلم والفكر، وأخذ الناس يهاجرون إليها من مختلف المناطق، وباشر الشيخ الطوسي بعد إقامته بها بالتدرس، فكان يملي دروسه على تلاميذه بانتظام، وما كتاب (الأمالي) إلا محاضرات ألقاها هناك، وألف أيضا كتاب (اختيار الرجال) و (شرح الشرح) واستمر في تدريسه وإلقاء محاضراته حتى أواخر حياته.
شيوخه وهم الذين تدور روايته عليهم في كتبه، وهم إما شيوخ إجازة أو سماع أو قراءة، أو ممن ذكرهم أرباب التراجم والرجال، وهم:
1 - أحمد بن إبراهيم القزويني، المتوفى بعد سنة 408 ه‍.
2 - أحمد بن عبد الواحد بن أحمد البزاز، المعروف بابن الحاشر، ويعرف أيضا بابن عبدون، المتوفى سنة 423 ه‍.
3 - أحمد بن علي بن أحمد بن العباس النجاشي الأسدي، المكنى بأبي العباس أو بأبي الحسين، المتوفى سنة 450 ه‍.
4 - أحمد بن محمد بن موسى بن الصلت الأهوازي، وتعرف بابن أبي الصلت أيضا، ويكنى بأبي الحسن، المتوفى سنة 409 ه‍.
5 - جعفر بن الحسين بن حسكة القمي، يكنى بأبي الحسين.
6 - أبو حازم النيشابوري.
7 - أبو الحسن الصقال، أو ابن الصقال.
8 - الحسن بن القاسم المحمدي، ويكنى بأبي محمد، ويلقب بالشريف والنقيب والعلوي والمحمدي، المتوفى بعد سنة 5410.
9 - الحسن بن محمد بن إسماعيل بن محمد بن أشناس البزار، وقيل. البزاز، المعروف بابن أشناس، وابن الحمامي، ويكنى بأبي علي، المتوفى سنة 439 ه‍.