حضرت امام باقر (عليه السلام) مخصوص بود به دقائق علوم ولطائف اشارات اندر كتاب خداى عزوجل، وى را كرامات مشهور است و آيات ازهر وبراهين انور گويند كه: ملكى وقتى قصد هلاك وى كرد كس فرستاد تا وى را حاضر كردند چون به نزديك وى درآمد از وى عذر خواست و هديه داد و به نيكوئى بازگردانيد. چون وى برفت، گفتند: ايها الملك قصد هلاك وى داشتى اكنون تو را با وى ديگر گونه ديديم چه حال بود؟ گفت: چون وى به نزديك من درآمد دو شير ديدم يكى بر راست و ديگرى بر چپ وى، مرا مى گفتند كه: اگر تو قصد وى كنى ما تو را هلاك مى كنيم.
و از وى روايت كنند كه وى گفته است: اندر تفسير قول خداى عزوجل * (فمن يكفر بالطاغوت ويؤمن بالله) * قال: من شغللك عن مطالعة الحق فهو طاغوتك. هر آنكس كه باز دارندهء تو از مطالعهء حق باشد (همان) همو طاغوت تو است. نگر تا به چه چيز محجوبى، بدان حجاب از وى بازماندهء ترك آن حجاب بگوى تا به كشف ابد برسى، محجوب ممنوع باشد و ممنوع را نرسد كه دعوى قربت كند. و يكى از خواص محمد بن على الباقر (عليه السلام) روايت كنند كه: چون از شب از رختخواب بشدى و از اوراد فارغ گشتى، آواز بلند برآوردى و گفتى: الهى و سيدى شب اندر آمد و ولايت تصرف ملوك به سر آمد و ستارگان بر آسمان هويدا شدند و خلق جمله به خفتند و صورت مردمان بياراميد و چشمشان بخفت و مردمان از در خلق رميدند وبايستهاى خود نهفتند وبنو اميه درهاى خود را بستند و پاسبانان برگماشتند و آنان كه بديشان حاجتى داشتند حاجات خود فرو گذاشتند.
بار خدايا! تو زنده و پاينده و بيننده و داننده‌اى، غنودن و خواب بر تو روا نيست و آن كه تو را بدين صفت نشناسد به هيچ نعمت سزا نيست. اى آن كه چيزى تو را از چيز ديگر باز ندارد. و شب و روز اندر لقاى تو خلل نيارد، درهاى رحمت تو گشاده است بر آن كه تو را دعا كند و خزينه‌هايت به جمله صرف آن است كه تو، ثنا گويد، تو آن خداوندى كه رد سائل بر تو روا نباشد، آنكه دعا كند از مؤمنان، و بر درگاهت، سائل را بازدارندهء نيست و نباشد از