(محمد بن جعفر بن أبي طالب) ولد على عهد النبي صلى الله عليه وآله وأمه أسماء بنت عميس أيضا.
(روى) عن عبد الله بن جعفر إنه قال أتى رسول الله صلى الله عليه وآله نعى أبينا جعفر فدخل علينا وقال لأمنا أسماء بنت عميس أين بنو أخي فدعانا وأجلسنا بين يديه وذرفت عيناه فقالت أسماء هل بلغك يا رسول الله عن جعفر شئ قال نعم أستشهد رحمه الله فبكت وولولت وخرج رسول الله صلى الله عليه وآله فلما كان بعد ثلاثة أيام دخل علينا ودعانا فأجلسنا بين يديه كأننا أفراخ وقال لا تبكين على أخي - يعنى جعفر - بعد اليوم ثم دعا بالحلاق فحلق رؤسنا ثم أخذ بيد محمد وقال هذا شبيه عمنا أبى طالب وقال لعون هذا شبيه أبيه خلقا وخلقا وأخذ بيدي فشالهما وقال اللهم احفظ جعفرا في أهلي وبارك لعبد الله في صفقته فجائته امنا تبكي وتذكر يتمنا فقال رسول الله صلى الله عليه وآله تخافين عليهم وانا وليهم في الدنيا والآخرة. وقد تقدم نظير ذلك في ترجمة عبد الله وترجمة جعفر بعبارة أخرى.
قيل قتل محمد بن جعفر بالطف شهيدا مع الحسين " ع " وقال ابن عبد البر في الاستيعاب قتل محمد وعون بشوشتر شهيدين قال القاضي نور الله في المجالس قول صاحب الاستيعاب هو الصواب لأن قبر محمد على فرسخ من دزفول وهي من اعمال شوشتر فيمكن انه استشهد بشوشتر ثم نقل إلى هناك أو أطلق أسم شوشتر على ذلك الموضع لأنه من أعمال شوشتر وقال القاضي نور الله أيضا وتشرف محمد بن جعفر بمصاهرة أمير المؤمنين " ع " على أبنته أم كلثوم بعد عمر بن الخطاب.
قال المؤلف كان لجعفر ابنان يسمى كل منهما محمدا أحدهما الأكبر ولا خلاف انه قتل مع عمه أمير المؤمنين " ع " بصفين وهو الذي خلف عمر على أم كلثوم والثاني محمد الأصغر وهو الذي قيل إنه قتل بالطف أو بشوشتر قال صاحب العمدة يقال انه ما أدرك الحلم فظهر ان صاحب الترجمة إنما هو محمد