هو الذي جعل حوزة أصفهان مركزا للعلوم العقلية الإسلامية، وبيده أشرق للفلسفة رونق وبهاء، جديد بعد فترة حصلت فيها.
قال الأستاذ الشهيد المطهري:
مع حملة المغول من ناحية، وحملات أمثال الغزالي من ناحية اخرى طويت موائد الفلسفة من غير إيران قليلا أو كثيرا، وبقيت شعلة منها في إيران متقدة، ثم تدرجت من ضعفها إلى القوة والكمال ولا سيما في حوزة فارس. ومع بزوغ شمس الصفوية والنهضة العلمية والفلسفية في أصفهان ظهر للفلسفة مرة اخرى رونق وبهاء، جديد على يد صدر المتألهين والمير داماد. (1) وقال في موضع آخر:
لا أعرف حوزة علمية تذكر بعد حملة المغول غير حوزة فارس لعلل ليست بينة حتى الآن... وعلى عهد الشاه عباس الكبير ظهر شيوخ كالسيد مير داماد والشيخ البهائي والمير فندرسكي فأصبحت أصفهان مركزا للعلوم العقلية الإسلامية، حتى أن السيد صدر الدين يهاجر من وطنه شيراز إلى أصفهان لكسب الزيادة في العلم...
السيد مير داماد إن لم يكن من الطراز الأول من حكماء الإسلام فلا أقل من أن يعد على رأس الطراز الثاني منهم. كان بالإضافة إلى الفلسفة فقيها رياضيا وأديبا رجاليا جامعا، يلقب أحيانا بالمعلم الثالث، أو كان يلقب نفسه بذلك. (2) وقال توشي هيكو ايزوتسنو الياباني:
محمد باقر الداماد المشهور بالمير داماد أحد من أعلام التاريخ الفلسفة الإسلامية على العهد الصفوي، واشتهاره باللقب الفاخر - يعنى المعلم الثالث - يدل على شهرة عظيمة له في الفلسفة الإسلامية، شهرة لا معارض لها. وهذا اللقب يحكي عن علو مرتبته في الفلسفة الإسلامية في عصره وبعده. (3) وأنت ترى أن للمير داماد - قدس سره القدوسي - سهم عظيم في إحياء الفلسفة