امام پنجم در سال 114 هجرى در اثر مسموميت شديد، به شهادت رسيد و در كنار قبر پاك پدرش در قبرستان بقيع، براى هميشه آرميد. (1) رحلت پيشواى پنجم - كه يك نهضت بزرگ علمى را در جامعهء اسلامى بنيان نهاده بود و مى رفت تا به اوج شكوفائى و تكامل خود برسد - ضايعه اى بزرگ و حادثهء جبران ناپذيرى بود كه موجى از تأثر واندوه عميق را در دل ها برانگيخت.
لكن خوشبختانه فرزند و جانشين گرانمايه اش حضرت صادق (عليه السلام) كه مثل پدر، وارث علوم رسالت و شايستهء مقام بزرگ امامت بود، بلافاصله بر جايگاه پدر نشست و رهبرى جامعهء اسلامى را بر عهده گرفت و با كوششهاى پى گير و خستگى ناپذير، نهضت فرهنگى و علمى پيشواى پنجم را به ثمر رسانيد.
امام باقر (عليه السلام) هنگامى كه احساس كرد كه واپسين ساعات عمر خود را سپرى مى كند، فرزند دلبندش جعفر بن محمد را احضار نمود و وصاياى لازم را به عمل آورد و پس از تحويل مواريث امامت به او، در مورد حمايت و سرپرستى شيعيان تأكيد فرمود. حضرت صادق عرض كرد: هرگز نمى گذارم شيعيان ما به احدى نيازمند باشند. (2) امام وصيت نمود او را در آن پيراهنى كه با آن نماز مى گذارد تكفين نمايند (3).
امام باقر (عليه السلام) را در كنار آرامگاه پدر بزرگوارش على بن الحسين (عليه السلام) در قبرستان معروف " بقيع " دفن نمودند و آرامگاه او همانند معصومان سه گانه ى ديگر كه در آن قبرستان آرميده اند مزار و زيارتگاه شيعيان و دوستداران آن بزرگواران بود و تا ايام تسلط وهابيان داراى قبه و بارگاه و حرم بود ولى در اثر تسلط اين جمعيت قشرى و كوته انديش، آن بارگاه و حرم را ويران ساختند و آرامگاه آنان را دلها و قلوب دوستداران و شيعيان قرار دادند كه همواره و هر روز و هر ساعت و ثانيه به زيارت به ديدار و ملاقات جمال انور و كمال از مهر آنان نايل مى شوند و از فيض وجودى آنان چه در حيات و چه در ممات بهره مى جويند.