النسخ المخطوطة المعتمدة في تحقيق الكتاب اعتمدنا بالإضافة إلى النسخة الحجرية على أربع نسخ جيدة هي:
1 - نسخة المكتبة الرضوية المرقمة (8921) وهي الأصل الذي اعتمدنا عليه، ورمزنا لها ب (ق) في كتاب الطهارة، وعبرنا عنها في باقي الكتاب ب (الأصل)، كتبها محمد حسين بن سعد الدين الغفاري في يوم الأحد 10 ربيع الثاني سنة 1000 هجرية، وهي نسخة مقروءة على المصنف، وعليها خطه وإجازته لكاتبها، وهي مضبوطة من الناحية الإملائية والنحوية. والنسخة من بداية الكتاب إلى أول كتاب الحج.
2 - نسخة المكتبة الرضوية - أيضا - المرقمة (2556) وهي تلي النسخة المتقدمة في الاعتبار وقد رمزنا لها ب (ض) كتبت في يوم الثلاثاء 10 صفر الخير سنة 1006 هجرية، وهي جيدة الخط وعليها خط العلامة المجلسي.
والموجود منها من بحث صلاة الكسوف إلى نهاية الكتاب.
3 - نسخة مكتبة مجلس الشورى المرقمة (64525) وقد رمزنا لها ب (س) كتبت في يوم الاثنين 14 رجب سنة 1008 هجرية وناسخها السيد حسين بن علي ابن رين الدين الحسيني العاملي.
وهي تبدأ من أول الكتاب وتنتهي إلى آخر بحث صلاة العيد.
4 - نسخة مكتبة مجلس الشورى - أيضا - المرقمة (63276) ورمزنا لها ب (م) كتبت في يوم الخميس 7 ربيع الثاني سنة 1241 هجرية، قوبلت على نسخة أقدم منها وناسخها حسين بن علي الحسن الخوئي.
ملاحظة الناظر في كتاب مدارك الأحكام يرى بوضوح أن لكتاب المدارك