نسختين تختلف إحداهما عن الأخرى، إحداهما النسخة التي عليها خط المصنف والأخرى النسخة المصححة وهي النسخة رقم (1) فإن المصنف قد صحح هذه النسخة عند قراءتها فشطب كثيرا من الجمل وأتيت غيرها في محلها، وأضاف جملا أخرى. ويظهر أن النسخة رقم (2) مطابقة للنسخة المصححة.
ولكن النسخة الثالثة والرابعة تختلفان، فكان همنا إثبات النسخة المصححة في المتن والإشارة إلى الاختلاف في الهامش.
منهجية التحقيق اتبعت في تحقيق هذا السفر القيم منهجية العمل الجماعي التي سار عليها العمل في مؤسسة آل البيت (عليهم السلام) منذ تأسيسها.
فكانت خطوات التحقيق كالآتي:
1 - مقابلة النسخ الخطية والنسخة الحجرية، وكان ذلك على عاتق الإخوة الأماجد محمد الأنصاري وعلى الشامي.
2 - تخريج الروايات: ومهمتها استخراج النصوص الواردة في الكتاب وعزوها إلى مصادرها، وتكفل بهذه المهمة الأخ الفاضل عبد الرضا الروازق.
3 - استخراج الأقوال الفقهية - الشيعية والسنية - من مصادرها الأصلية وكانت على كاهل كل من حجج الاسلام الشيخ محمد صبحي والشيخ محمد على زين على والشيخ محمد حسين أميني والأستاذ عبد الحسين الحسون، والأخوة الأفاضل السيد عبد العزيز كريمي والسيد محمد الحسيني النيشابوري وعبود أحمد النجفي.
4 - تقويم النص ومهمتها إظهار نص صحيح للكاتب أقرب ما يكون لما تركه المؤلف. وقد اتبعت طريقة التلفيق بين النسخ - المشار إليها آنفا - بحيث يكون النص الصحيح في المتن وما عداه في الهامش.