آثاره العلمية ألف الشيخ - عدا جواهره التي سيأتي تفصيل الحديث عنها - كتاب نجاة العباد، وهو رسالة عملية صنعها لمقلديه، وهي من الرسائل العلمية التي حظيت بالتعاليق والشروح بعد عصره. وله أيضا عدة رسائل أخرى في الدماء الثلاثة والزكاة والخمس وأحكام الأموات، كلها ألحقت بنجاة العباد، وصارت جميعها رسالة واحدة بهذا الاسم.
وله هداية الناسكين في مناسك الحج، ورسالة في المواريث وهي آخر مؤلفاته فقد فرغ منها سنة الوباء 1264.
وله كتاب في الأصول تلفت نسخته الوحيدة التي هي بخطه، وقصتها أن له وليدا صغيرا تناول هذا الكتاب أثناء لعبه وألقاه في البئر. وبعد اخراجه وجدوا أنه قد انمحت كلماته ولم يكن وقت الشيخ يسمح له يومئذ وهو المرجع للتقليد أن يعيد تأليفه ولو لم يكن إلا جواهر الكلام لكفى. هذا الكتاب الكبير الواسع الذي بلغت أجزاؤه حسب تقسيمه 44 جزءا، وإن كان الناشرون حشدوا هذه الأجزاء في ستة مجلدات ضخام حشدا، رعاية للاقتصاد. وسيأتي وصف هذا الكتاب الجليل الحركة العلمية في عصره كانت الحركة العلمية في عهد شيخنا المترجم له في القمة من الحركات العلمية التي امتاز بها القرن الثالث عشر الهجري في خصوص النجف الأشرف وكربلاء.
فإن النهضة العلمية التجديدية في الفقه وأصوله - بعد الفتور العام الذي أصابها في القرن الحادي عشر وأكثر الثاني عشر - ابتدأت في كربلاء على يد المؤسس العظيم الاغا محمد باقر البهبهاني المتوفى سنة 1208.
وبقيت بعده النجف تنازع كربلاء وتشاطرها الحركة العلمية بفضل تلميذيه العظيمين السيد مهدي بحر العلوم المتوفى سنة 1212 والشيخ جعفر كاشف الغطاء المتوفى سنة 1228