بالقرآن العظيم، من فاتحته إلى خاتمته، وفيه اسمك الأكبر، وكلماتك التامات، يا سامع كل صوت، ويا جامع كل فوت، ويا بارئ النفوس بعد الموت، يا من لا تغشاه الظلمات، ولا تشتبه عليه الأصوات، أسألك أن تخير لي بما أشكل علي به، فإنك عالم بكل معلوم، غير معلم، بحق محمد، وعلي، وفاطمة، والحسن، والحسين، وعلي بن الحسين، ومحمد الباقر، وجعفر الصادق، وموسى الكاظم، وعلي الرضا، ومحمد الجواد، وعلي الهادي، والحسن العسكري، والخلف الحجة من آل محمد، (عليه وعليهم السلام)، ثم تفتح المصحف، وتعد الجلالات (3) التي في الصفحة اليمنى، ثم تعد بعددها (4) أوراقا، ثم تعد بعددها أسطرا من الصفحة اليسرى، ثم تنظر آخر سطر، تجده كالوحي فيما تريد، إن شاء الله).
وقال في رسالة مفاتيح الغيب: ورأيت هذا الاستخارة، بخط بعض الفضلاء، هكذا: يقرأ آية الكرسي - إلى (هم فيها خالدون، وعنده مفاتح الغيب - إلى - كتاب مبين، ثم يصلي على محمد وآله عشر مرات، ثم يقول: اللهم إني توكلت عليك، وتفألت بكتابك، فأرني ما هو المكنون، في سرك المخزون، في علم غيبك، برحمتك يا أرحم الراحمين، اللهم أرني الحق حقا حتى أتبعه، وأرني الباطل باطلا حتى أجتنبه، ثم يفتح المصحف، ويصنع كما مر.
قال رحمه الله: ورأيت بخط بعض الفضلاء مثله، إلا أنه ذكر الدعاء هكذا: المخزون في غيبك، يا ذا الجلال والاكرام، اللهم أنت الحق ومنزل الحق، بمحمد (صلى الله عليه وآله) اللهم أرني الحق حقا حتى أتبعه، وأرني الباطل باطلا حتى أجتنبه.