أسئلة وردت عليه من البلاد البعيدة والقريبة ومعظمها حول مسألة الإمامة والعقائد والأحكام الفقهية الخاصة بالشيعة وبعض هذه الكتب يعتبر مناقشة وإبطالا لآراء بعض مشايخه أمثال ابن الجنيد، والشيخ الصدوق وغيرهم في مسائل مثل العمل بالقياس، والاعتقاد بسهو النبي ونحوها.
قضى الشيخ الطوسي مع أستاذه المفيد كما أشرنا إليه سابقا، مدة خمس سنوات، وفي حياته وبإشارة منه (55) شرع في شرح رسالة المقنعة للمفيد التي تعد متنا فقهيا جامعا متقنا، وربما كانت أول كتاب فقهي للشيعة من نوعها. وهذا الشرح هو كتاب " تهذيب الأحكام " أحد الكتب الأربعة المشهورة في الحديث، والأجزاء الأولى من هذا الكتاب التي حررها في زمن حياة أستاذه تعتبر أقوى دليل على مقدرة الشيخ الطوسي الأدبية والعلمية، مع أنه حين ذاك لم يمض عليه أكثر من حوالي خمس وعشرين سنة من العمر. (56) السيد المرتضى وملازمة الشيخ الطوسي له جلس مجلس المفيد رسميا لدى وفاته مباشرة أحد تلامذته وصهره الشريف أبو يعلى محمد بن الحسن بن حمزة الجعفري (57) المعروف ب‍ (أبي يعلى الجعفري) فتصدى لإدارة حوزته وحلقته وكان هذا الرجل على حد تعبير " النجاشي " فقيها متكلما قائما بالأمرين. وبقي حيا إلى عام 463 ه‍ (58) أي إلى بعد وفاة الطوسي بثلاث سنوات - وقد شارك أبو يعلى هذا وسلار بن عبد العزيز مع النجاشي في تغسيل السيد المرتضى،