ترجيح النجاشي على الشيخ الطوسي في الرجال والحديث فكان لقاء مثل هذا الشيخ بمكان من الأهمية للشيخ الطوسي ومع ذلك لم يخرج الطوسي إلى البصرة لزيارته والأخذ منه مباشرة.
ويعلم من إجازة الشيخ المكتوبة عام 445 ه‍ على ظهر نسخة من كتابه " مقدمة في المدخل إلى علم الكلام " أنه كان في ذاك التاريخ في " حدود دار السلام " أي في ضواحي بغداد. والظاهر أن الشيخ قد ألف أكثر كتبه وأماليه في بغداد وأنه ألف قسما منها قبل وفاة أستاذه السيد المرتضى وقسما آخر بعده. ويمكننا أن نقف على مكانته العلمية ورياسته العامة حين ذاك من خلال هذه الكتب ومقدماتها ومن الأسئلة الواردة عليه من البلدان . وقد عبر نظام الدين محمود بن علي الخوارزمي كاتب النسخة المذكورة المكتوبة سنة 444 ه‍، عبر عن الشيخ بقوله: " مقدمة الكلام تصنيف الشيخ الإمام الورع قصوة العارفين وحجة الله على العالمين، لسان الحكماء والمتكلمين، أبي جعفر محمد بن الحسن بن علي الطوسي متعنا الله بطول بقائه ونفعنا بعلومه ". (76) الشيخ الطوسي والنجاشي أبو العباس النجاشي المعاصر للشيخ الطوسي صاحب كتاب الرجال المعروف الذي ألفه قبل سنة 450 ه‍ التي توفي هو فيها، وبعد عام 436 ه‍ الذي توفي فيه السيد المرتضى (77) والظاهر أنه كتبه في بغداد. وقد وصف الشيخ الطوسي بقوله: " محمد بن الحسن بن علي الطوسي أبو جعفر جليل من أصحابنا، ثقة عين، من تلامذة شيخنا أبي عبد الله.... " (78) ثم يفهرس جملة من كتب الشيخ الطوسي التي كان ألفها إلى يوم ذاك