ويبوب كل ذلك في أبواب خاصة بعد ما أكثر الفروع، واستحدث فروعا جديدة.
إلا أن الباحث يلحظ في كتب الشيخ - مع توفر الشيخ على تنظيم الفقه وتبويبه، وجمع النظائر والأشباه من فروعه - شيئا من التشويش في تبويب أبواب الفقه وكتبه.
وهذا التشويش لا يختص بكتب الشيخ وحده، وإنما يظهر على كتب المتقدمين عامة.
وفي هذه المدرسة لأول مرة نلتقي بكتاب (الشرايع) للمحقق الحلي رحمه الله بتنظيم رائع لأبواب الفقه استمر عليه فقهاء الشيعة بعد ذلك إلى العصر الحاضر. فقد قسم (المحقق الحلي) كتابه (شرايع الإسلام) إلى أقسام أربعة:
الأول العبادات، الثاني العقود، الثالث الإيقاعات، الرابع الأحكام.
وينطلق إلى هذا التقسيم الرباعي بالشكل الثاني:
الحكم الشرعي إما أن يتقوم بقصد القربة أم لا، والأول العبادات.
والثاني إما أن يحتاج إلى اللفظ من الجانبين الموجب والقابل أو من جانب واحد، أو لا يحتاج إلى اللفظ فالأول العقود، والثاني الإيقاعات، والثالث الأحكام، وبذلك تندرج أبواب الفقه في أقسام أربعة كما تقدم.
وهذا تقسيم رائع يجمع مختلف أبواب الفقه، وهي من حصيلة هذه المدرسة، وتمت على يد (المحقق الحلي) بالذات.
2 - وظهرت في هذه الدورة الكتابة الفقهية الموسوعية، فألف (العلامة الحلي) موسوعته القيمة (تذكرة الفقهاء) في الفقه المقارن