منهجية التحقيق:
كان من الطبيعي - ونحن نبدأ بتحقيق كتاب (جامع المقاصد) بما يمثله من ثقل علمي في الأوساط الحوزوية - أن نحاول جهد الإمكان إخراجه بصورة مثلي، وبالمستوى الذي يتناسب وحجم الكتاب من الناحية العلمية من جهة، وما توصلت إليه حركة إحياء التراث في العالم الإسلامي من جهة أخرى.
فكان أن جندت مؤسسة آل البيت - عليهم السلام - لإحياء التراث ما يقارب العشرين محققا، وزعتهم حسب الاختصاصات العلمية في عدة لجان تلخص بمجموعها منهجية التحقيق الجماعي، وهي كالآتي:
1 - لجنة المقابلة: وعملها مقابلة النسخ المخطوطة - التي مر وصفها - بعضها على البعض الآخر، وتثبيت الاختلافات إن وجدت، وقد تكونت هذه اللجنة من الأخوة: الحاج عز الدين عبد الملك، والأخ حمزة الكعبي، والأخ عبد الرضا كاظم كريدي، والأخ محمد عبد علي محمد.
2 - لجنة الاستخراج: وعملها استخراج الأقوال الفقهية التي عرضها المصنف وناقشها أثناء بحثه، واستخراج الأحاديث الشريفة التي استدل بها، وتكونت هذه اللجنة من أصحاب السماحة حجج الإسلام: الشيخ محمد الباقري، والسيد هادي حمزة لو، والشيخ محمد الميرزائي، وأصحاب الفضيلة الشيخ شاكر آل عبد الرسول السماوي، والشيخ محمد علي السماوي، والشيخ عطاء الله رسولي.
3 - لجنة تقويم النص: وعملها تقطيع النص إلى عدة فقرات حسب ما تقتضيه العبارة، ثم النظر في الاختلافات الموجودة بين النسخ الخطية وترجيح الصحيح منها، والإشارة إلى ذلك في الهامش، واستخراج معاني الكلمات الغريبة وشرحها، تكونت هذه اللجنة من: صاحب الفضيلة الشيخ محمد الحسون مسؤول تحقيق كتاب جامع المقاصد والأخ الفاضل فارس الحسون.
4 - كتابة الهامش: وقد قام بهذه المهمة الأخ الفاضل السيد غياث طعمة مستفيدا من كل ما تقدم في اللجان الآنفة الذكر في صياغة الهوامش النهائية.