عين له الشاه طهماسب مبلغ سبعمائة تومان في كل سنة بعنوان السيور غال في بلاد عراق العرب، وكتب في ذلك فرمانا، وذكر اسمه الشريف فيه مع نهاية الإجلال والإعظام (1).
وقد ذكر سيد الأعيان جانبا مشبعا ومفصلا عن رد الشيخ إبراهيم القطيفي، ومنافرته للشيخ الكركي، وبذاءة كلامه له، خصوصا في معرض الرد على رسالته الرضاعية التي ألفها عام 926 هجرية. ثم يستطرد ليقول: فانظر واعجب على هذه الجرأة العظيمة من القطيفي على الشيخ علي الكركي الذي اعترف جميع العلماء بعلو مكانه حتى لقبوه بالمحقق الثاني، وتداولوا تواليفه العظيمة النافعة في كل عصر وزمان، وانظر كيف يصف الطائي بالبخل مادر، ويعير قسا بالفهاهة بأقل (2).
ويستفاد من كلامه أنه قد كان ترك بلاد العجم مع ما كان له فيها من الجاه الطويل العريض الأسباب قاهرة وسكن العراق، وأن الضرورة دعته إلى تناول شئ من خراج العراق من يد السلطان لأمر معاشه، وأن بعض من يتسم بالعلم أنكر عليه ذلك وتبعه جماعة من الغوغاء ولعله الشيخ إبراهيم القطيفي - كما ذكر في ترجمته - أو غيره فشنع عليه بسبب ذلك، وقد رد القطيفي على هذه الرسالة برسالة سماها (السراج الوهاج لدفع عجاج قاطعة اللجاج) قال في أولها: (وأن بعض إخواننا في الدين، قد ألف رسالة في حل الخراج وسماها قاطعة اللجاج، وأولى باسمها أن يقال: مثيرة العجاج كثيرة الاعوجاج، ولم أكن ظفرت بها منذ ألفها إلا مرة واحدة في بلد سمنان، وما تأملتها إلا كجلسة العجلان، فأشار إلى من تجب طاعته بنقضها، ليتخلف من رآها من الناس برفضها، فاعتذرت وما بلغت منها حقيقة تعريضه بل تصريحه بأنواع الشنع، فلما تأملته الآن مع علمي بأن ما فيها أوهى من نسج العناكب، فدمع الشريعة ما فيها من مضادها ساكب... إلى آخره) (3).