ولكنه مع كل هذا لم يسلم من الحساد والمناوئين، فقد حكى صاحب رياض العلماء عن تأريخ حسن بيك روملو الفارسي: إن الأمير نعمة الله الحلي كان من تلامذة الشيخ علي الكركي، ثم رجع عنه واتصل بالشيخ إبراهيم القطيفي الذي كان خصما للشيخ علي الكركي ودافع مع جماعة من العلماء في ذلك العصر كالمولى حسين الأردبيلي والقاضي مسافر - يعني المولى حسين - وغيرهم ممن كان بينهم وبين الشيخ علي كدورة على أن يباحث مع الشيخ علي الكركي في مجلس السلطان شاه طهماسب المذكور في مسألة صلاة الجمعة حتى يعاونه في البحث تلك الجماعة من العلماء في المجلس، وكان يعاونهم في ذلك جماعة من المراء أيضا عداوة للشيخ علي، ولكن لم يتفق هذا المقصود ولم ينعقد ذلك أصلا، وكان من غرائب الأمور أن في تلك الأوقات قد كتب بعض الأشرار مكتوبا مشتملا على أنواع الكذب والبهتان بالنسبة إلى الشيخ علي، ورماه إلى دار السلطان شاه طهماسب المذكور بصاحب آباد في تبريز، التي كانت بجنب الزاوية النصرية، بخط مجهول لا يعرف من كان كاتبه، ونسب إليه قدس سره فيه أقساما من المناهي والفسوق، لكن لم يؤثر ذلك المكتوب في ذلك السلطان بتأييد الله تعالى، واجتهد وبالغ في استعلام الكاتب في الغاية حتى ظهر أن الأمير نعمة الله المشار إليه قد كان له اطلاع على ذلك المكتوب، ثم انجر الكدورة بينه وبين الأمير نعمة الله المذكور إلى أن أمر السلطان المشار إليه بنفي الأمير نعمة الله من البلد وإذهابه إلى بغداد، إلى غير ذلك من المراتب التي ذكرت في ترجمة السيد نعمة الله المذكور، فاتفق أن كان بين وفاة الشيخ على وبين وفاة الأمير نعمة الله المذكور ببغداد عشرة أيام) (1).
وكان من جملة الكرامات التي ظهرت في شأن الشيخ علي أن محمود بيك مهردار كان من ألد الخصام وأشد الأعداء للشيخ علي، فكان يوما بتبريز في ميدان صاحب آباد يلاعب بالصولجان بحضرة ذلك السلطان يوم الجمعة وقت العصر، وكان الشيخ علي في ذلك العصر حيث أن الدعاء فيه مستجاب يشتغل لدفع شره