وفتنته وفساده بالدعاء السيفي، ودعاء الانتصاف للمظلوم من الظالم، المنسوب إلى الحسين عليه السلام، ولم يتم الدعاء الثاني بعد وكان على لسانه قوله عليه السلام: (قرب أجله وأيتم ولده) حتى وقع محمود بيك المذكور عن فرسه في أثناء ملاعبته بالصولجان، واضمحل رأسه بعون الله تعالى (1).
قال: (ورأيت في بعض التواريخ الفارسية المؤلفة في ذلك العصر أن محمود بيك المخذول كان قد أضمر في خاطره المشؤوم أن يذهب في عصر ذلك اليوم إلى بيت الشيخ علي بعد ما يفرغ السلطان من لعب الصولجان، ويقتل الشيخ بسيفه، وواضع على ذلك جماعة من الأمراء المعادين للشيخ، فلما فرغ من لعب الصولجان وأراد الذهاب إلى بيت الشيخ سقطت يد فرسه وهو في أثناء الطريق في بئر هناك، فوقع هو وفرسه في تلك البئر، واندق عنقه وكسر رأسه ومات من ساعته) (2).
وقد أطنب سيد الأعيان بذكر الخلاف الذي كان بين المحقق الكركي والشيخ القطيفي.
فقد عاب عليه معاصره ومنافسه الشيخ إبراهيم القطيفي قبوله جوائز السلاطين، فقد كان يصل إليه في كل سنة من الشاه إسماعيل سبعون ألف دينار شرعي، لينفقها في تحصيل العلم، ويفرقها في جماعة الطلاب والمشتغلين، ويظهر من أخبار تلك المنافسة بينهما أن عيبه عليه ذلك كان بزمان وجوده بالغري وأن تلك الإنعامات كانت ترد من السلطان إلى النجف، فلعل ذلك قبل ذهابه إلى بلاد العجم.
ثم يستطرد سيد الأعيان ليقول: وهذا جمود من الشيخ إبراهيم القطيفي، فمن أحق بمال الأمة، وأعرف بوجوه صرفه، والتخلص من وجوه إشكاله، من نواب الأئمة العاملين؟ وهل كان يتمكن الشيخ علي الكركي من القيام بما قام لولا المال... (3).