بنيان آن را متزلزل ساخت و بتدريج فرضيه‌هاى جديد جامه عمل پوشيد و صورت قانون به خود گرفت و نيروى علم قلب اتم نشكن را شكافت و او را باجزائى تجريه كرد و معلوم شد كه اتم جز يك انرزى فشرده و متكاثف چيزى نيست و از اجزائى مختلفى تشكيل شده كه بعضى داراى بار الكتريسيته مثبت مىباشد و آن را پرتون مىنامند و بعضى داراى بار الكتريسيته منفى مىباشد كه بنام الكترون خوانده مىشود و بعضى از نظر بار الكتريكى خنثى مىباشد كه نترن نام دارد. لكن قبل از آنكه اين نظريه قوت خود را از دست دهد و بطلانش با آزمايش هاى عملى آشكار شود گروهى از فلاسفه مادى و الهى از آن استقبال كردند.
اما فلاسفه مادى بدين جهت به استقبالش شتافتند كه تصور كردند بدين وسيله مىتوانند بدون التزام بوجود خدا موجودات جهان ماده را تعليل و تفسير كنند. به اين بيان: كه اجسام از ذرات (اتمهاى) خردى كه از نهايت خردى بخش ناپذير مىباشند تشكيل شده اند و اين ذرات (اتمها) ازلى و ابدى مىباشند و بوسيله حركت كه ذاتى آنها است به صورت هاى مختلفى پيرامون يكديگر جمع مىشوند و از اجتماعشان به صورت هاى مختلف موجودات گوناگون پديد ميايند. و ما در كتاب علم كلام بطلان اين منطق را مبرهن ساخته‌ايم.
اما فلاسفه الهى بدين جهت كه بنظرشان مىرسيد اين نظريه كليد رمز و معماى مشكل اصل و ريشه موجودات مادى مىباشد. لذا بزرگان معتزله و جز آنان از اهل سنت و بسيارى از شيعه كه به استناد مقالات اسلاميين، مرحوم شيخ مفيد را هم يكى از آنان بايد شمرد، اين نظريه را پذيرفتند لكن با اين تفسير كه اين اتمهاى نشكن و بخش ناپذير حادث مىباشند و به ايجاد خداوند جهان لباس هستى پوشيده اند به اين معنى كه خداوند اولا اين اتمها را آفريد سپس موجودات مادى ديگر را از تأليف و تركيب اين اتم ها بانحاء مختلف، خلعت هستى بخشيد. و گروهى از متكلمين اسلامى در اين عقيده پافشارى بسيار داشته‌اند تا آنجا كه به مخالفين اين عقيده نسبت بى دينى مىدادند.
در عين حال گروهى از متكلمين روشن فكر قبل از اينكه كوس رسوائى اين