فكرى بوده است تاريكى‌ها و اوهام را زائل ساخته‌اند و اجتماع را به سوى حقيقت و واقعيت و درستى‌ها و مفاهيم اصيل معارف بشرى رهنمون گشته‌اند.
يادگارهاى علمى و فكرى امام موسى بن جعفر (عليه السلام) كه در محتويات كتاب‌هاى حديث و فقه و كلام و تفسير ثبت گرديده است يكى از بهترين و غنى‌ترين ميراث ها و ذخائر علمى و عملى است كه اصول زندگى و روش‌هاى تربيتى و معارف ماوراء طبيعى را با محكم‌ترين و استوارترين بيان‌ها، در اختيار پويندگان آن معارف، قرار داده و اسرار آفرينش را با عالى ترين بيانات خود، توضيح مىدهد كه امروز علم با آن همه پيشرفت و ترقى فراتر از آن گام ننهاده است.
صدر المتألهين در شرح و تفسير حديث شريف عقل كه امام (عليه السلام) به يكى از ياران خود به نام " هشام بن حكم " القاء فرموده است، چنين مىنويسد: " اين حديث عقل، در برگيرندهء بزرگ‌ترين مشخصات و ويژگى‌هاى عقل است كه در محتويات خود معارف عاليه‌اى از قرآن مجيد را دارد. اين حديث شريف محتوى معارف پر ارج الهى است كه همانند آن را در چندين مجلد از كتاب‌هاى عرفاء و دانشمندان صاحب نظر، نمىتوان پيدا نمود.
جامعيت حديث از آن نظر است كه اشاراتى به علم ماوراء طبيعت، فلكيات، روان شناسى، اخلاق، سياست مدنى، تربيت و... دارد و از نظر مواعظ و پند و اندرز و توجيه به نشأه آخرت، سرشار و غنى است ". (1) رهبر فكرى و معنوى امام موسى بن جعفر (عليه السلام) بعد از رحلت پدر عاليقدرش اداره كنندهء فكرى و علمى دانشگاه وسيع و بزرگى بود كه از پدر به ميراث باقى مانده بود. دانشگاهى كه همواره در حال توسعه و گسترش، و در برگيرنده هزاران دانشجو و استاد و طالب علم بود.