بالحق أمحى السنة الشنيعة * للفوت قيل: (مقتداي شيعه) (1) ولأن الشاه طهماسب الصفوي كتب له الفرمان الكبير، المذكورة صورته في (رياض العلماء) في سنة 939 ه (2)، ففي خاتمة هذا الفرمان تأريخه وهو 16 ذو الحجة الحرام سنة 939 ه.
وقد توهم صاحب (الأعلام) نتيجة لتضارب المصادر المترجمة للشيخ في تأريخ وفاته حين جعل ولادته في جبل عامل، وتوهم حين ترجم له مرتين: الأولى باسم علي بن الحسين بن عبد العالي المتوفى عام 940 ه (3) والثانية باسم علي بن عبد العالي، وجعل وفاته 937 ه (4).
وقد قيل أنه مات شهيدا مسموما، وقد قاله الشيخ حسين بن عبد الصمد الحارثي والد الشيخ البهائي، كما نقله عنه صاحب رياض العلماء (5) وصاحب مستدرك الوسائل (6).