2 - ثم وبعد أن فرغت من المرحلة الأولى شرعت في المرحلة الثانية والأصلية من تحقيق الكتاب، ألا وهي مراجعة النص من البداية حيث قمت بقراءة النص قراءة متأنية ووقفت عند كل قول نسبه الشيخ الطوسي رحمه الله إلى قائل ما أو لمذهب ما فراجعت المصادر المتاحة وحاولت العثور على مصدر القول والإشارة إليه في الهامش، وعند فقد المصدر الأصلي للقائل - كما هو الحال بالنسبة إلى بعض مصنفات القاضي عبد الجبار المعتزلي (كالعمد) أو الجبائيين أبي على وابنه أبي هاشم وغيرهما - حاولت اسناد قول الشيخ بذكر مصادر ثانوية تنسب هذا القول للقائل، وقد أشرت إلى أرقام صفحات بعض المصادر التي أخذ منها الشيخ الطوسي نصا طويلا أو قصيرا كما هو الحال بالنسبة إلى (الذريعة إلى أصول الشريعة) للشريف المرتضى و (المعتمد في أصول الدين) لأبي الحسين البصري وغيرهما.
3 - قمت بتحقيق النصوص الفقهية التي يذكرها المصنف في كتابه أثناء المناقشة والاستدلال وذلك بالرجوع إلى كتب الفقهاء ومصنفاتهم - سواء من الإمامية أو من المذاهب السنية - وأشرت إلى مكان وجودها في تلك المراجع.
4 - قمت بتحقيق الأحاديث والروايات التي ذكرها المصنف أو اعتمدها في أثناء الإستدلال واستخرجتها من أقدم المصادر وأصحها، ولم اكتف في ذلك بمصدر واحد أو مصدرين، بل حاولت قدر الإمكان ارجاعها إلى جميع صحاح أهل السنة وغيرها من المسانيد والمجاميع