عند أبي جعفر، لقد رأيت الحكم عنده كأنه مغلوب، ويعني بالحكم الحكم بن عيينة، وكان عالماً نبيلًا جليلًا في زمانه ...
وروي: أن أبا جعفر دخل على جابر بعد ما أضرّ فسلم عليه، فقال: من أنت؟ فقال: محمّد بن علي بن الحسين، فقال: ادن مني فدنى منه، فقبّل يديه ورجليه ثم قال له: رسول اللَّه يسلم عليك» «1».
وقال ابن الصباغ المكي المالكي: «محمّد بن علي بن الحسين الباقر وهو باقر العلم وجامعه وشاهره ورافعه، ومتفوق درّه وراضعه، صفا قلبه وزكا علمه، وطهرت نفسه وشرفت أخلاقه، وعمرت بطاعة اللَّه تعالى اوقاته ورسخ في مقام التقوى قدمه وميثاقه. وروى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين وسارت بذكر علومه الأخبار وأنشدت في مدايحه الأشعار» «2».
وقال الشبلنجي: «قال المناوي في طبقاته: سمي باقراً لأنه بقر العلم: أي شقه، فعرف أصله.
قال: قال صاحب الإرشاد: لم يظهر عن أحدٍ من ولد الحسن والحسين من علم الدين والسن وعلم القرآن والسير وفنون الأدب ما ظهر عن أبي جعفر الباقر» «3».
وقال ابن عنبة: «وكان واسع العلم، وافر الحلم، وجلالة قدره أشهر من أن ينبه عليها» «4».