وخمسون سنة، كان مقامه منها مع أبيه عشرين سنة وبقي بعد وفاة أبيه خمساً وثلاثين سنة وهي مدة امامته» «1».
قال ابن عنبة: «مضى الرشيد الى الشام فأمر يحيى بن خالد السندي بقتله فقيل انه سم وقيل بل غمر في بساط ولف حتى مات ثم أخرج للناس، وعمل محضراً أنه مات حتف أنفه، وترك ثلاثة أيام على الطريق يأتي من يأتي فينظر إليه ثم يكتب في المحضر ودفن بمقابر قريش» «2».
قال هند وشاه بن سنجر: «روى الشيعة لما أخرجوا جثمان الإمام موسى بن جعفر كانوا ينادون إمام الرفضة مات حتف أنفه، وكان أحمد بن حنبل حاضراً وكان يبكي خفية ولما قالوا: مات إمام الرفضة قال: لا واللَّه بل مات إمام المغرب والمشرق» «3».
قال السيد ابن طاووس: «الصلاة عليه بالتعابير الخاصة به: اللهم صلّ على محمّدٍ وأهل بيته وصلّ على موسى بن جعفر وصي الأبرار وإمام الأخيار وعيبة الأنوار ووارث السكينة والوقار والحكم والآثار، الذي كان يحيي الليل بالسهر الى السحر بمواصلة الاستغفار، حليف السجدة الطويلة والدموع الغزيرة، والمناجاة الكثيرة، والضراعات المتصلة، ومقرّ النهى والعدل، والخير والفضل، والندى والبذل ومألف البلوى والصبر والمضطهد بالظلم، والمقبور بالجور والمعذب في قعر السجون وظلم المطامير، ذي الساق المرضوض بحلق القيود والجنازة المنادى عليها بذلّ الاستخفاف، والوارد على جده المصطفى وأبيه المرتضى وأمه سيدة