الحساب 34 خلاصة الحساب لم يصنف مثلها مطبوعة في إيران وغيرها عدة طبعات ومترجمة إلى لغات أجنبية منها الألمانية وكانت العادة ان تدرس في المدارس الدينية في العراق وغيرها في شهور التعطيل 35 بحر الحساب.
علم الهيئة 36 تشريح الأفلاك مع حواشيه مختصر مطبوع والظاهر أنه فارسي 37 الأسطرلاب كبير بالعربية سماه الصفيحة 38 أسطرلاب آخر بالفارسية سماه التحفة الحاتمية 39 رسالة في نسبة أعظم الجبال إلى قطر الأرض 40 رسالة في أن أنوار الكواكب مستفادة من الشمس 41 رسالة في حل اشكالي عطارد والقمر.
الحكمة 42 الرسالة الموسومة بالجوهر الفرد ذكرها في الكشكول وذكر فيها دليلا على ابطال تركيب الجسم من الاجزاء التي لا تتجزأ.
التاريخ والأدب 43 توضيح المقاصد فيما اتفق في أيام السنة 44 المخلاة جمع فيها فوائد وطرائف من كل فن بدون ترتيب مطبوعة بمصر 45 الكشكول صنفه بعد المخلاة وجمع فيه من كل فن بدون ترتيب تشبيها له بكشكول الدراويش الذي يجمعون فيه من كل طعام وقد صار كل كتاب بعده بهذا الوصف يسمى الكشكول وان كان له اسم غير ذلك ككشكول البحراني وكل من جمع أصنافا من علوم شتى يسمى مجموعة بالكشكول وجمع جماعة كتبا سموها بنحو هذا الاسم مثل بيدر الفلاح وسفينة نوح وقد اشتهر الكشكول بين الناس اشتهارا عظيما وطبع في مصر مرارا كثيرة وطبع في إيران لكن الظاهر أن الطبعة الإيرانية تزيد عن المصرية وبعضهم يتوهم ان الكشكول جمعه في وقت سياحته وليس كذلك كما يظهر من خطبته. وقد ترجم الكشكول إلى الفارسي برغبة أحد ملوك الهند المغول ولو كان دون جميع مشاهداته وما جرى له في سياحته لكانت من أنفس وامنع ما كتب 46 سوانح سفر الحجاز كتاب من شعره وانشائه أكثره بالفارسية 47 نان وحلوى اي خبز وحلوى كتاب شعر بالفارسية ظريف 48 ديوان شعره بالعربية والفارسية، في الأمل جمع شعره ولدي محمد رضا الحر فصار ديوانا لطيفا.
أجوبة المسائل 49 جواب مسائل الشيخ صالح بن حسن الجزائري اثنتان وعشرون مسالة مشهورة 50 جواب ثلاث مسائل أخرى عجيبة 51 جواب المسائل المدنيات. إلى غير ذلك من الرسائل وأجوبة المسائل 52 حواشي شرح التذكرة.
استدراك على مؤلفاته يضاف إلى أسماء مؤلفاته المتقدمة ما يلي:
1 حاشية على نتائج الأفكار للسيد إبراهيم الحائري في الأصول 2 حاشية على مبادئ الأصول للعلامة الحلي 3 شرح الشافية في الصرف 4 حاشية على شرح الكافية للجامي في النحو 5 هداية العوام رسالة عملية في الفقه 6 تشييد الأذهان معرب عين الحياة للمجلسي 7 رسالة في مقتل الحسين ع.
شعره له شعر كثير بالعربية والفارسية فمن شعره قصيدته التي يمدح بها صاحب الزمان وسماها وسيلة الفوز والأمان في مدح صاحب الزمان كما في شرح المنيني عليها وبعضهم يقول اسمها روح الجنان كما في ديوان الشيخ جعفر الخطي وهي التي شرحها الشيخ أحمد بن علي المنيني الدمشقي بطلب السيد محمد هاشم قاضي دمشق الشام وطبعت مع شرحها في آخر الكشكول وأولها:
سرى البرق من نجد فهيج تذكاري * عهودا بحزوى والعذيب وذي قار وهيج من أشواقنا كل كامن * وأجج في أحشائنا لاعج النار الا يا لييلات الغوير وحاجر * سقيت بهام من بني المزن مدرار ويا جيرة بالمازمين خيامهم * عليكم سلام الله من نازح الدار خليلي ما لي والزمان كأنما * يطالبني في كل وقت بأوتار فأبعد أحبابي وأخلي مرابعي * وأبدلني من كل صفو بأكدار وعادل بي من كان أقصى مرامه * من المجد ان يسمو إلى عشر معشاري أ لم يدر اني لا أذل لخطبه * وان سامني بخسا وأرخص أسعاري مقامي بفرق الفرقدين فما الذي * يؤثره مسعاه في خفض مقداري واني امرؤ لا يدرك الدهر غايتي * ولا تصل الأيدي إلى سبر أغواري أخالط أبناء الزمان بمقتضى * عقولهم كي لا يفوهوا بإنكار وأظهر اني مثلهم تستفزني * صروف الليالي باحتلاء وامرار واني ضاوي القلب مستوفز النهي * أسر بيسر أو آمل باعسار ويضجرني الخطب المهول لقاؤه * ويطربني الشادي بعود ومزمار ويصمي فؤادي ناهد الثدي كاعب * بأسمر خطار وأحور سحار وانس يخي بالدموع يوقفه * على طلل بال ودارس أحجار وما علموا اني امرؤ لا يروعني * توالي الرزايا في عشي وأبكار إذ دك طود الصبر من وقع حادث * فطود اصطباري شامخ غير منهار وخطب يزيل الروع أيسر وقعه * كؤود كوخز بالأسنة سعار تلقيته والحتف دون لقائه * بقلب وقور في الهزاهز صبار ووجه طليق لا يمل لقاؤه * وصدر رحيب من ورود وإصدار ولم أبده كي لا يساء لوقعه * صديقي ويأسي من تعسره جاري ومعضلة دهماء لا يهتدى لها * طريق ولا يهدى إلى ضوئها الساري تشيب النواصي دون حل رموزها * ويحجم عن أغوارها كل مغوار أجلت جياد الفكر في حلباتها * ووجهت تلقاها صوائب انظاري فأبرزت من مستورها كل غامض * وثقفت منها كل قسور سوار أ أضرع للبلوى وأغضي على القذى * وأرضى بما يرضى به كل مخوار وأفرح من دهري بلذة ساعة * واقنع من عيشي بقرص وأطمار إذ لا ورى زندي ولا عز جانبي * ولا بزغت في قمة المجد أقماري ولا بل كفي بالسماح ولا سرت * بطيب أحاديثي الركاب وأخباري ولا انتشرت في الخافقين فضائلي * ولا كان في المهدي رائق أشعاري خليفة رب العالمين وظله * على ساكني الغبراء من كل ديار