سنة، حتى توفي ليلة الاثنين الثاني والعشرين من المحرم سنة 460 ه‍ عن خمس وسبعين سنة، وتولى غسله ودفنه تلميذه الشيخ الحسن بن مهدي السليقي، والشيخ أبو محمد الحسن بن عبد الواحد العين زربي، والشيخ أبو الحسن اللؤلئي، ودفن في داره بوصية منه.
وتحولت الدار بعده مسجدا في موضعه اليوم حسب وصيته أيضا، وهو مزار يتبرك به الناس من العلوم والخواص، ومن أشهر مساجد النجف، عقدت - منذ تأسيسه حتى اليوم - عشرات حلقات التدريس من قبل كبار المجتهدين وأعاظم المدرسين فقد كان العلماء يستمدون من بركات قبر الشيخ لكشف غوامض المسائل ومشكلات العلوم، ولذلك كان مدرس العلماء ومعهد تخريج المجتهدين إلى عصر شيخ الفقهاء الشيخ محمد حسن صاحب (الجواهر) الذي كان يدرس فيه أيضا، حتى بعد أن بنوا له مسجده الكبير المشهور باسمه، فقد كثر الحاحهم عليه وطلبهم منه الانتقال إليه لم يقبل ولم يرفع اليد عنه اعتزازا بقدسية شيخ الطائفة وحبا للقرب منه، وهكذا إلى أن توفي.
واستمرت العادة كذلك إلى عصر شيخنا المحقق الأكبر الشيخ محمد كاظم الخراساني صاحب " الكفاية " فقد كان تدريسه فيه ليلا إلى أن توفي، وقد أحصيت عدة تلامذته في الأواخر بعض الليالي فتجاوزت الألف والمأتين، وكذلك شيخنا الحجة المجاهد شيخ الشريعة الإصفهاني، فقد كان يدرس فيه عصرا إلى أن توفي وكما أن تلميذ شيخنا الخراساني الأرشد الحجة المعروف الشيخ ضياء الدين العراقي كان يدرس فيه صبحا إلى أن توفي.
وموقع مسجد الشيخ في محلة المشراق من الجهة الشمالية للصحن المرتضوي الشريف وسمي باب الصحن المنتهي إلى مرقده ب‍ (باب الطوسي)، وقد طرأت عليه بعد عمارته الأولى عمارتان، حسبما نعلم إحداهما في حدود سنة 1198 ه‍ وذلك بترغيب من العلامة الحجة السيد مهدي بحر العلوم كما ذكره في (الفوائد الرجالية) فقد قال: وقد جدد مسجده في حدود سنة