في مختلف الأوقات والظروف والدواعي، يعظمون فيها الشعائر، ويتلقون فيها دروس الوعظ والارشاد ويقيمون فيها الصلاة، فلم يكن للشيعة مسجد في مدينة صور يوم جاءها السيد لذلك تملك دارا، ثم وقفها حسينية في بدء التأسيس، ثم حين سنحت الفرصة أنشأ مسجدا من أضخم المساجد بناء، وأجملها هيكلا له قبتان عظيمتان، ومنارة شامخة، وباحة رائعة أمام إيوان واسع، يتصل بأبواب المسجد الرحب، ويقوم في وسطه عمودان من الآثار الفينيقية، يحملان القبتين، وخلف المسجد مما يلي المحراب فناء كبير يتصل بخارج البلد.
وحين تم هذا المسجد الجامع العظيم، بدأ بإنشاء ما كان يشغل تفكيره من قديم أعني إنشاء مدرسة حديثة تمثل مبدأه التربوي في كلمته السائرة " لا ينشر الهدى إلا من حيث انتشر الضلال ". على أن النهوض بشعب بادئ خاضع للسلطات الاقطاعية معرض للصدمات، ممتحن بالعراقيل، لذلك جاء مشروعه الضخم هذا على مراحل، ولولا بطولة عرفناها مبدعة قادرة في السيد حفظه الله لما تخطى المشروع أولى مراحله.
أنشأ في أولى المراحل، على مدخل المدينة، ستة مخازن، وشيد على سطحها دارا واسعة مراعيا فيها أن تكون يوما ما المدرسة المرجوة، لكن إنجاز المشروع لم يكن يومئذ ممكنا لمعارضة كانت من السلطة ومن يمشي في ركابها من ذوي المصالح الفردية، وبهذا اضطر إلى الاكتفاء يومئذ بهذا القد ينتظر الفرصة المواتية.
وكانت فترة استجمام طويلة نشط بعدها سنة 1357 ه‍، فإذا الدار هي المدرسة الجعفرية المثلى، وقد أضاف إليها في الدور الأول مسجدا خاصا بالمدرسة، وطلابها ورفع على سطحه بناء آخر يماثل المدرسة أضيف