7. بعد تنضيد الحروف والإخراج الفني للكتاب وضعنا له فهارس عامة، منها " فهرس اختلاف النسخ " في الكافي التي أشار إليها المؤلف في حاشيته هذه. وهذا أمر بديع لا يخفى فوائده على الطالب الباحث.
النسخ المعتمدة اعتمدنا في تحقيق هذا الأثر القيم على أربع نسخ:
1. مخطوطة مكتبة المرحوم آية الله العظمى المرعشي النجفي، المرقمة 6342، كتبها ملا خليل القزويني (م 1089 ه‍) والنسخة مصححة وعليها تعليقات من الكاتب مع التصريح باسمه هكذا: " لراقمه خليل ". وعلى الورقة الأولى تملك ملا خليل مع خاتمه: " خليل من العلم ".
وتشتمل هذه النسخة من أول الكتاب إلى كتاب الحجة، باب أن المتوسمين الذين ذكرهم الله...، ح 3. وهذا أكمل النسخ (رمزها " خ ").
2. مخطوطة مكتبة المرحوم آية الله العظمى گلپايگاني، المرقمه 1553 (103 / 9)، كتبها محمد رضا بن محمد صفي التبريزي في يوم الجمعة ثاني شهر ذي القعدة، سنة 1081 ه‍. ق.
قوبلت مع نسخة قرئت على المؤلف، وكتب في الصفحة الأخيرة: " بلغ قبالا من أوله إلى آخره من نسخة مقروءة على المحشي (قدس سره) ". وعلى حواش النسخة تعليقات من المؤلف مع هذه الكلمات:
" منه مد ظله السامي "، " منه سلمه الله "، " منه دام ظله ". وأيضا على حواش النسخة ترجمة بعض اللغات وبعض المطالب من الوافي. وعلى الورقة الأولى تملك محمد صالح بتاريخ 1090 ه‍ مع خاتمه: " رب اجعلني من الصالحين ". تشتمل هذه النسخة من أول الكتاب إلى كتاب الحجة، باب ما فرض الله عز وجل ورسوله (صلى الله عليه وآله) من الكون مع الأئمة، ح 3. وكانت نهاية هذه النسخة في هذه الطبعة ص 612. (رمزها " ل ").
3. مخطوطة مكتبة المرحوم آية الله العظمى المرعشي النجفي، المرقمة 3748، من القرن الحادي عشر. والنسخة مصححة وعليها تعليقات كثيرة مع رمز " ع ن " وبعضها مع رمز " معصوم " ويحتمل أن يكون هو " أمير معصوم بن محمد فصيح الحسني التبريزي القزويني (م 1091 ه‍) " الذي كان من تلاميذ المؤلف، وهو الذي جمع هذه الحواشي. وأيضا على النسخة تعليقات أخرى من المؤلف، وترجمة بعض اللغات من القاموس والصحاح والغريبين. وتشتمل هذه النسخة من أول الكتاب إلى كتاب الحجة، باب ما فرض الله عز وجل ورسوله (صلى الله عليه وآله) من الكون مع الأئمة، ح 6،