خير المرسلين، البحر الزخار لعالم العلم، الجبل الشامخ في عالم الحلم، الحاوي للفروع والأصول، جامع المعقول والمنقول، كاشف الأسرار الباطنية، سماحة الميرزا محمد رفيعا الطباطبائي النائيني، الذي دوى صيت معرفته الشاملة لكل الآفاق في أجواء الفلك الأعظم، حتى أن أيا من ذوي المعرفة لم يسمع نظيرا له من أحد آخر سوى همهمات أحاديث كمال صاحب الإقبال السامي ذاك. إذ أن فطنة فكره امتدت في رحاب ملك الحقيقة، حتى أن بوارق لمحات بني الإنسان مهما عجلت الجري في أقطار الحكمة تبقى عاجزة عن اللحاق بركب معرفته. (1) ووصفه صاحب جامع الرواة بقوله:
رفيع الدين محمد بن حيدر الحسيني الحسني الطباطبائي النائيني، فريد عصره، وحيد دهره، قدوة المحققين، سيد الحكماء المتألهين، برهان أعاظم المتكلمين، وأمره في جلالة قدره، وعظم شأنه، وسمو رتبته وتبحره في العلوم العقلية، ودقة نظره، وإصابة رأيه وحدسه، وثقته وأمانته وعدالته أشهر من أن يذكر، وفوق ما يحوم حوله العبارة. (2) وذكره العلامة المجلسي في إجازاته أصدرها للحاج محمد الأردبيلي، ومحمد باقر بن أمير علي رضا، ومحمد فاضل المشهدي محمد المقيم، والسيد نعمة الله الجزائري، واصفا إياه بأنه ثالث مشايخه، قائلا فيه ما يلي:
سيد الحكماء المتألهين، قدوة الحكماء المتألهين، السيد السند، الأمير رفيع الدين محمد بن الأمير حيدر الحسيني الحسني الطباطبائي، النائيني. (3) وقال عنه الأمير محمد صالح خاتون آبادي في كتاب حدائق المقربين:
كانت للميرزا رفيعا أصالة رأي وقوة فكر، خاصة في التحقيق والتدقيق، بين سائر أفاضل عصره. (4) واعتبر المحدث النوري في كتابه الموسوم بالفيض القدسي في ترجمة العلامة المجلسي الميرزا رفيعا في عداد أساتذة المجلسي، واصفا إياه بالعبارات التالية: