16. حاشية على شرح إرشاد الأذهان للعلامة الحلي.
17. حاشية على مختلف الشيعة للعلامة الحلي.
18. حاشية على القوائد للعلامة الحلي.
19. حاشية على شرح مختصر الأصول للعضدي.
20. حاشية على الإرشاد للشيخ المفيد.
21. حاشية على شرح حكمة العين لمحمد بن مبارك شاه المعروف ب‍ " ميرك نجاري ".
وفاته وتوفي هذا السيد الألمعي في أصفهان عن عمر 85 سنة قضاه بالبركة والعطاء.
ويختلف كتاب التذكرة في تعيين تاريخ وفاته. فقد ذكر المرحوم النوري في الفيض القدسي وفي خاتمة المستدرك (1)، والمرحوم الأميني في أعيان الشيعة (2) أن سنة وفاته كانت 1099 ه‍ وذكر الشيخ عباس القمي في الفوائد الرضوية أنه توفي عام 1099 (3)، وفي الكنى والألقاب 1080 (4). وذكر المرحوم الأردبيلي في جامع الرواة أنه توفي عام 1079 (5). وقال صاحب الذريعة في بعض المواضع (6) أن وفاته كانت في عام 1099، بينما قال في مواضع أخرى (7) أن وفاته كانت في أواخر عام 1080، رغم أنه يؤيد القول الأخير حسب ما يبدو من قوله: صرح تلميذ الملا خليل القزويني (م 1089) في كتابه مناهج اليقين أن وفاة الميرزا رفيعا كانت في حياة أستاذه الملا خليل حيث يقول في كتابه هذا عند ذكر اسم الميرزا " رحمه الله " في حين أنه عندما يأتي على ذكر الملا خليل، يذكر إلى جانب اسمه عبارة " سلمه الله " ويفهم من ذلك أن وفاة الميرزا كانت قبل وفاة الملا خليل. (8)