فاستقل بعده بالإمامة والزعامة إلى أن وقعت الفتنة بين الفريقين سنة 448 واحترقت منها كتبه وكرسيه الذي كان يجلس عليه للكلام، فهاجر وقتئذ إلى النجف الأشرف، وصيرها مركزا للعلم وجامعة كبرى للشيعة الإمامية ، وعاصمة للدين الاسلامي والمذهب الجعفري، لم يزل رحمه الله فيها مشغولا بالتدريس، والتأليف، وبث الأحكام الشرعية مدة اثنتي عشرة سنة حتى توفى ليلة الاثنين الثاني والعشرين من المحرم ودفن بوصية منه في داره التي حولت بعده مسجدا في موضعه اليوم حسب وصيته أيضا، وهو مزار معروف يتبرك به الناس. له مؤلفات في مختلف العلوم والفنون. قيل في تاريخ وفاته:
وبكى له الشرع الشريف مؤرخا (أبكى الهدى والدين فقد محمد).