حاجى نورى صاحب مستدرك الوسائل استاد محدث قمى اعتقاد عجيبى به اين سيد و الا گهر داشت به حدى كه او دستور تعمير و تجديد بناى حرم او را داد و ضريحى بر او ساخت و در لوحهء آن در مقام معرفى چنين نگاشت:
" هذا مرقدا السيد الجليل ابى جعفر محمد بن الأمام ابى الحسن على الهادى (عليه السلام) عظيم الشأن جليل القدر وكانت الشيعه تزعم انها الأمام بعد أبيه (عليه السلام) فلما توفى نص ابوه على أخيه ابى محمد الزكى وقال: " احدث الله شكرا فقد احدث فيك امرا "، خلفه ابوه في المدينه طفلا وقدم عليه في سامراء شمتدا ونهض الى الرجوع الى الحجاز ولما بلغ بلدا على تسعة فراسخ مرض وتوفى ومشهده هناك ولما توفى شق ابوه ثوبه وقال في جواب من عابه عليه قدشق موسى على اخيه هارون وكانت وفاته في حدود اثنين وخمسين بعد المأتين ". (1) " اين جا مرقد مطهر سيد بزرگوار ابوجعفر محمد بن الأمام ابوالحسن الثالث على الهادى مىباشد عظيم الشأن، جليل القدر مىباشد.
شيعه گمان مىكرد امامت پس از پدر، نصيب او خواهد بود هنگامى كه او درگذشت پدرش امامت را بر برادرش تنصيص نمود و فرمود:
" در برابر نعمت الهى شكر انجام دهيد چون در زندگى تو امر جديدى احداث نمود "، به هنگام مسافرت به سامراء در ايام طفوليت پدرش، او را در مدينه باقى گذاشته بود او به سامراء تحت نظر وارد شد و مىخواست به حجاز برگردد و در بين راه هنگامى كه به بلد در 9 فرسخى سامراء رسيد مريض گرديد و از دنيا رفت به هنگام مرگ او پدرش امام هادى (عليه السلام) يقه پاره كرد برخى از ايراد گيران تعيير نمودند كه شما چرا در مرگ فرزند اينقدر بى تابى مىكنيد؟
امام (عليه السلام) در پاسخ فرمودند: موسى در مرگ برادرش هارون يقه پاره كرد.
وفات او در سال 252 رخ داد، امام حسن عسكرى با برادرش انسى داشت چون او را در