مخطط بحوث الكتاب بحوث تمهيدية تبين منشأ الخلاف بين مدرستي الإمامة والخلافة وتنقسم بحوث الكتاب بعدها إلى قسمين:
القسم الأول - بحوث مصادر الشريعة الاسلامية لدى المدرستين وسبل الوصول إليها وعليها تبنى العقيدة الاسلامية واحكامها وتشمل والبحوث الخمسة الآتية:
أ - بحوث المدرستين في الصحبة والصحابة.
ب - بحوث المدرستين في الإمامة والخلافة وهما من سبل الوصول إلى الشريعة الاسلامية وتكوين الرؤية الصحيحة للاسلام.
ج - بحوث المدرستين في مصادر الشريعة الاسلامية وبحث كيفية اتخاذ مدرسة الخلفاء الاجتهاد والعمل بالرأي من مصادر الشريعة الاسلامية في عداد كتاب الله وسنة رسوله (ص) وبها يتم بحث مصادر الشريعة الاسلامية وسبل الوصول إليها لدى مدرسة الخلفاء.
د - قيام الإمام الحسين (ع) ضد الانحراف عن سنة الرسول بسبب الاجتهاد والعمل بالرأي.
ه‍ - تمكن أئمة أهل البيت (ع) من إعادة سنة الرسول إلى المجتمع بعد قيام الإمام الحسين ، وتمكن مدرستهم من نشر سنة الرسول (ص) بعد ذلك، وبهذا يتم بحث مصادر الشريعة الاسلامية وسبل الوصول إليها لدى مدرسة أهل البيت وتتم بذلك بحوث الأسس الفكرية لدى المدرستين.
القسم الثاني - في بيان أنواع نشاط اتباع المدرستين الفكري والسياسي والاجتماعي ويشمل الأبواب الأربعة الآتية انشاء الله تعالى:
ا - انتشار أفكار مدرسة الخلافة من إيران وقيام دول اتباعهم فيها.
ب - حملة المغول على البلاد الاسلامية وتقويظهم الخلافة العباسية ببغداد.
ج - انتشار التشيع في القسم التابع لبلد الكوفة من إيران خاصة ونشاط سكانه في نشر أفكار مدرسة أهل البيت (ع) وقيام دول اتباعهم فيه.
د - افتراءات على مدرسة أهل البيت (ع).