الإمامة لدى مدرسة أهل البيت (ع) كانت تلكم آراء مدرسة الخلفاء في الإمامة والخلافة وأدلتهم، اما مدرسة أهل البيت فإنها تستدل بخطاب الله لإبراهيم وقوله له: " انا جعلناك للناس إماما " وجواب الله لطلب إبراهيم حين قال " ومن ذريتي قال لا ينال عهدي الظالمين " على أن الإمامة عهد من الله لا يناله الظالم لنفسه أو لغيره وتستدل بقوله تعالى في حق أهل البيت " إنما يريد الله ليذهب عنكم الرجس أهل البيت ويطهركم تطهيرا " على عصمة أهل البيت محمد وأهل بيته صلوات الله عليهم أجمعين من الذنوب، وكذلك تستشهد بسيرة أهل البيت التي لم يسجل منهم في التاريخ أمر مخالف للعصمة. اما الأدلة على إمامتهم فإننا إذا درسنا سيرة الرسول في أمر تعيين ولي الأمر من بعده نجد انه لم يغب عن بال الرسول ومن حوله أمر الإمامة من بعده فان بعضهم طلب من الرسول أن يكون لهم الامر من بعده فاجابه الرسول: الامر إلى الله يضعه حيث يشاء واخذ منهم البيعة في إقامة المجتمع الاسلامي " ان لا ينازعوا الامر أهله " وعين الامام عليا في أول يوم دعا إلى الاسلام وزيرا له وخليفة من بعده وشاهدناه - أيضا - يستخلف على المدينة كلما غاب عنها لأمر ما وإن كانت المسافة ميلا أو أقل من ذلك.
وكذلك لم يترك أمته هملا أبد الدهر بل عين ولي الأمر من بعده في أماكن مختلفة وأزمنة متعددة بأقوال تواترت عنه مثل قوله صلى الله عليه وآله:
علي ولي كل مؤمن بعدى.
علي وليكم من بعدي.