الدليل الفقهي كان مدار أبحاثه حول الدليل نفسه وأقسامه من السمعي و العقلي، وعوارضه الثبوتية كالاطلاق والتقييد والتعادل والتراجيح والتضاد و التلازم والاثباتية كمباحث الأوامر والنواهي والعام والخاص والمنطوق والمفهوم.
وهناك اعتراضان مهمان على طريقة المنهج القدمائي، الأول: هو الاعتراض على القسم المدون في أصول القدماء للبحث عن الدليل وأقسامه، حيث أبدله الشيخ الأنصاري بتصنيف علم الأصول على طبق الحالات الوجدانية للمكلف عند التفاته للحكم الشرعي وهي القطع والظن والشك، فهنا أقسام:
1 - بحث القطع التفصيلي والاجمالي.
2 - بحث الظن المعتبر وغيره بما يشمل سائر الظنون، و منها الظواهر المبحوث عنها من حيث الكبرى وهي حجية الظهور ومن حيث الصغرى وهي تنقيح المصاديق كمباحث الألفاظ السابق ذكرها، ويدخل في ذلك بحث التعادل والتراجيح أيضا فإنه راجع للبحث عن الظنون أيضا وإن ذكر في الخاتمة، فإن الدليلين إذا تقابلا فإما أن يحصل الظن بأحدهما من حيث الجهة أو الصدور أو المضمون وهذا هو الترجيح، وإما أن لا يحصل الظن بشئ من ذلك وهو التعادل المرتبط بحثه بباب الظن سواء قلنا بالتخيير عند التكافؤ، أو قلنا بالتساقط.
3 - بحث الشك الذي يشتمل على الأصول العملية الأربعة لكونها وظيفة الشاك. ولعل النكتة التي دفعت بالشيخ الأعظم لاختيار هذا التبويب تتلخص في أمور:
أ - إن علم الأصول مقدمة لعلم الفقه ومن الطبيعي عدم امكان تحديد ملامح المقدمة الا بمعرفة ملامح ذي المقدمة فإن ذلك مقتضى مقدميتها.