الجرح والتعديل لما ذكروه وتطبيقه بالذوق العرفي، ثم يستعرض أهم الآراء لكبار الفقهاء ويتناولها بالفحص والنقد العلمي، ثم يأتي بالأدلة الفقهية من الآيات والأحاديث ويسندها بما يؤدي اليه نظره، ويستخرج بالتالي فتواه غير مشوبة بالضعف على الأغلب. وبهذه الطريقة المتأنية يدلنا على تمكنه من الاجتهاد ويعرفنا الطريقة الصحيحة للاستنباط.
وفاته:
توفي شيخنا صاحب الترجمة وقت الزوال من يوم الجمعة منتصف شهر شوال لسنة 1248 بإصبهان، وصلى عليه الشيخ محمد إبراهيم الكلباسي أو السيد محمد باقر حجة الاسلام الشفتي، واقتدى في الصلاة جماعة كبيرة من العلماء وبقية الناس.
دفن في المقبرة المعروفة ب‍ " تخت فولاد " وأقبر في " بقعة مادر شاهزاده " التي عرفت بعد ذلك عند بعض المؤرخين " بقعة الشيخ محمد تقي ".
أبنه جماعة من الأدباء ورثاه جملة من الشعراء وأرخوا وفاته بالعربية والفارسية، منها قصيدة تلميذه ميرزا محمد باقر الخوانساري التي يقول فيها:
يا للذي أضحى تقيا نهتدي * بهداه كالبدر المنير الأوقد أسفا لفقد إمامنا الحبر الذي * حتى الزمان لمثله لم نفقد أسفا عليه وليس يعقوب الأسى * في مثل يوسف هجره بمفند لهفي على من لا يفي لثنائه * رفش الأجام على مجال القدقد العلم أمسى بعده مترحلا * والشرع لم ير بعده بمؤيد مهما أخال زحام حلقة درسه * ينشق قلبي من شديد تجلدي وا حسرتا أهل المدارس إذ جنت * أيدي الحوادث في إمام المسجد وا كربتاه لمسلمي هذي الحمى * من ثلمة الاسلام في المتجدد من ثلمة لا يسددن وبددت * شمل الفضائل والعلى والسؤدد