والمعروف في سنة وفاته أنها كانت 679 كما عن الشيخ سليمان الماحوزي وغيره.
ولكن الشيخ آغا بزرك الطهراني في كتابه " الأنوار الساطعة " ص 187 يخطئ هذا التاريخ ويرى أن الصحيح هو 699 حيث قال:
" لكن التاريخ مخدوش، لأن فراغ ابن ميثم من الشرح الصغير لنهج البلاغة كان في 681 وفرغ من الشرح الكبير للنهج في 677، فالصحيح من تاريخ وفاته هو ما ذكره صاحب كشف الحجب وهو 699 ظاهرا ".
وأما قبره فقد قال في أنوار البدرين: وقبره متردد بين بقعتين كلتاهما مشهورة بأنها مشهده، أحدهما في جبانة الدونج، وأخرى في هلتا من الماحوز، وأنا أزوره فيهما احتياطا وإن كان الغالب أنه في هلتا لوفور القرائن على ذلك.
ونقل عن رسالة " وفيات العلماء " للكفعمي: أنه مات في دار السلام بغداد.