كتاب الإكليل. كتاب الخلاص. كتاب الوجيه. كتاب الرغبة. كتاب الخلقة. كتاب الهيئة. كتاب الروضة.
كتاب الناصع. كتاب النقد. كتاب الطاهر. كتاب ليلة. كتاب المنافع. كتاب اللعبة. كتاب المصادر. كتاب الجمع.
فهذه أربعون كتابا من السبعين كتابا. ثم يتلو ذلك رسائل في الحجر، أولة، ثانية، ثالثة، رابعة، خامسة، سادسة، وسابعة، ثامنة، تاسعة، عاشرة. ولا أسماء لها. وله بعد ذلك عشر رسائل في النبات، أولة إلى العاشرة.
وله في الأحجار عشر رسائل على هذا المثال. فذلك سبعون رسالة.
ويتلو ذلك عشرة كتب مضافا إلى السبعين وهي، كتاب التصحيح. كتاب المعنى. كتاب الايضاح.
كتاب الهمة. كتاب الميزان. كتاب الاتفاق. كتاب الشرط. كتاب الفضلة. كتاب التمام. كتاب الاعراض. وله بعد ذلك عشر مقالات تتلو هذه الكتب وهي، كتاب مصححات فوثاغورس. كتاب مصححات سقراط. كتاب مصححات فلاطن. كتاب مصححات أرسطاليس. كتاب مصححات ارسيجانس.. كتاب مصححات اركاغانيس.
كتاب مصححات امورس. كتاب مصححات ديمقراطيس. كتاب مصححات حربي. كتاب مصححاتنا نحن، ثم يتلو هذه عشرون كتابا بأسمائها وهي، كتاب الزمردة. كتاب الأنموذج. كتاب المهجة. كتاب سفر الاسرار. كتاب البعيد. كتاب الفاضل. كتاب العقيقة. كتاب البلورة. كتاب الساطع. كتاب الاشراق. كتاب المخايل. كتاب المسائل. كتاب التفاضل. كتاب التشابه. كتاب التفسير. كتاب التمييز. كتاب الكمال والتمام. ويتلوها أيضا ثلاثة كتب تتصل بها: كتاب الضمير. كتاب الطهارة. كتاب الاعراض. وبعد ذلك سبعة عشر كتابا أولها، كتاب المبتدا (1) بالرياضة. كتاب المدخل إلى الصناعة. كتاب التوقف. كتاب الثقة بصحة العلم. كتاب التوسط في الصناعة.
كتاب المحنة. كتابا الحقيقة. كتاب الاتفاق والاختلاف. كتاب السنن والحيرة. كتاب الموازين. كتاب السر الغامض. كتاب المبلغ الأقصى. كتاب المخالفة. كتاب الشرح. كتاب الاعرامى في النهاية (2). كتاب الاستقصاء. ثم يتلو ذلك ثلاثة كتب وهي، كتاب الطهارة، آخر. كتاب التسعة (3). كتاب الاعراض.
قال محمد بن إسحاق: قال جابر في كتاب فهرسته، الفت بعد هذه الكتب ثلاثين رسالة لا أسماء لها. ثم الفت بعد ذلك أربع مقالات وهي، كتاب الطبيعة الفاعلة الأولى المتحركة وهي النار. كتاب الطبيعة الثانية الفاعلة الجامدة وهي الماء. كتاب الطبيعة الفاعلة المنفعلة اليابسة وهي الأرض. كتاب الطبيعة الرابعة المنفعلة الرطبة وهي الهواء: قال جابر ولهذه الكتب كتابان، فيهما شرح ذلك وهما، كتاب الطهارة. كتاب الاعراض. ثم الفت بعد ذلك أربعة كتب وهي، كتاب الزهرة. كتاب السلوة. كتاب الكامل. كتاب الحياة. والفت بعد ذلك عشرة كتب على رأى بليناس صاحب الطلسمات. وهي، كتاب زحل. كتاب المريخ. كتاب الشمس الأكبر. كتاب الشمس الأصغر. كتاب الزهرة. كتاب عطارد. كتاب القمر الأكبر. كتاب الاعراض (4). كتاب يعرف بخاصية نفسه. كتاب المثنى. وله أربعة كتب في المطالب، كتاب الحاصل. كتاب ميدان العقل. كتاب العين. كتاب النظم.
قال أبو موسى: الفت ثلثمائة كتاب في الفلسفة. وألف وثلثمائة كتاب في الحيل، على مثال كتاب تقاطر وألف وثلثمائة رسالة في صنائع مجموعة وآلات الحرب. ثم الفت في الطب كتابا عظيما، والفت كتابا صغارا وكبارا.