فأتى إبراهيم، وهو جالس في مسجده، فلف رأسه، وحمل إلى مروان، واتبعه من أهل بيته عبد الله بن علي، وعيسى بن موسى بن علي، ونفر من مواليه.
فلما دخل على مروان قال له: ما هذه الجموع التي خرجت بخراسان تطلب لك الخلافة؟
قال له إبراهيم: ما لي بشئ من ذلك علم، فإن كنت إنما تريد التجني علينا فدونك وما تريد.
ثم بسط لسانه على مروان، فأمر به، فحبس.
قال الهيثم: (فأخبرني أبو عبيدة، قال: كنت آتي إبراهيم في محبسه، ومعه فيه عبد الله بن عمر بن عبد العزيز، فأسلم عليه، وأظل عامة نهاري عنده، وربما جنني الليل عنده، فأبيت معه، فبينا أنا ذات ليلة عنده، وقد بت معه في الحبس، فأنا نائم في سقيفة فيه، إذ قيل، مولى لمروان، فاستفتح الباب، ففتح له، فدخل ومعه نحو من عشرين رجلا من موالي مروان، فلبثوا ساعة، ثم خرجوا، ولم أسمع لأحد صوتا.
فلما أصبحت دخلت البيت لأسلم عليها، فإذا هما قتيلان، فظننت أنهما خنقا).
ولما قتل إبراهيم بن محمد خاف أخواه: أبو جعفر، وأبو العباس على أنفسهما، فخرجا من الحميمة هاربين من العراق، ومعهما عبد الله، وإسماعيل، وعيسى، وداود بنو علي بن عبد الله بن عباس، حتى قدموا الكوفة، ونزلوا على أبي سلمة الداعي، الذي كان داعية أبيهما، محمد بن علي بأرض العراق.
فأنزلهم جميعا دار الوليد بن سعد، التي في بني أود، وألزمهم مساورا القصاب، ويقطينا الأبزاري، وكانا من كبار الشيعة، وقد كانا لقيا محمد بن علي في حياته، فأمرهما أن يعينا أبا سلمة على أمره.