ابن موسى الفراء [وابن المديني] وأبو بكر بن أبي شيبة وسفيان بن وكيع وعلي بن حجر وعلي بن خشرم ونصر بن علي والحسن بن عرفة وخلق كثير.
سئل عنه [علي] ابن المديني فقال: بخ بخ ثقة مأمون. وقال احمد ابن داود الحداد سمعت عيسى بن يونس يقول لم يكن في أسناني أبصر بالنحو مني فدخلني منه نخوة فتركته.
وقال أحمد بن حنبل الذي كنا نخبر ان عيسى بن يونس سنة في الغزو، سنة في الحج فقدم بغداد في شئ من أمر الحصون فامر له بمال فأبي ان يقبل. وقال أحمد بن جناب غزا عيسى خمسا وأربعين غزوة وحج خمسا وأربعين حجة. قال الوزير جعفر بن يحيى البرمكي ما رأيت في القراء مثل عيسى بن يونس، وذكر انه عرض عليه مائة ألف درهم فردها وقال: والله لا يتحدث أهل العلم اني اكلت للسنة ثمنا. قال محمد ابن سعد: كان ثقة ثبتا وقال الوليد بن مسلم ما أبالي من خالفني في الأوزاعي ما خلا عيسى بن يونس فاني رأيت اخذه أخذا محكما وهو أفضل من بقى من علماء العرب وأبو إسحاق الفزاري ومخلد بن الحسين.
وقال محمد بن عبيد الطنافسي يا أصحاب الحديث ألا تكونون مثل عيسى بن يونس كان إذا جاء إلى الأعمش ينظرون إلى هديه وسمته وقال وكيع ذاك رجل قد قهر العلم. قال محمد بن عبد الله بن عمار:
عيسى حجة أثبت من أخيه إسرائيل وقال أبو زرعة: حافظ. قال ابن معين رأيت على عيسى قباء محشوا وخفين أحمرين كان يلبس ذلك